补充(5月10日): 这个补充是由Viennah K. Erchus朋友建议的,目的是进一步的佐证E蛋白是容易并普遍地接纳氨基酸变异的。如图5中所示,在E蛋白的序列的不同位点上都可以出现变化,有的是单个氨基酸的变异,有的是插入/缺失。此种现象既在SARS中存在,也在蝙蝠冠状病毒中存在。这明确地显示了E蛋白对氨基酸变异有相当的倾向性和包容性,以及这些特性在不同beta类冠状病毒中的普遍存在。与此特性相悖的就是,尽管舟山蝙蝠病毒和武汉冠状病毒在遗传上明显相距更远,两者却在E蛋白上100%一致。就像上面说到的那样,这不可能是天然进化的结果。这进一步支持我们通过其他证据而得到的结论:武汉冠状病毒是以舟山蝙蝠病毒为模版而人工制造的。
图5. 武汉冠状病毒(Wuhan-Hu-1)、SARS冠状病毒(SARS_GD01, SARS_ExoN1, SARS_TW_GD1, SARS_Sino1_11)以及蝙蝠冠状病毒(Bat_AP040581.1, RsSHC014, SC2018, Bat_NP_828854.1, BtRs-BetaCoV/HuB2013, BM48-31/BGR/2008)的E蛋白序列比对。Viennah K. Erchus提供并细致地准备了这些序列。 作者注释和致谢: 本文是对我之前的一个文章中有关的RaTG13部分的重塑(https://nerdhaspower.weebly.com/article-in-chinese),其中增加了两处重要的分析。第一处新增的是对RaTG13的spike的基因序列中同义突变和非同义突变的分析。这个现象最早由Elannor D. Allens发现并分析的,Elannor把这个发现分享在了我之前文章的留言区。用两个舟山蝙蝠病毒间的同义突变和非同义突变作为自然变异的例子是由“冠军的亲爹”建议的。第二处新增的是对新近武汉冠状病毒中E蛋白出现变异的分析。这最早是由 John F. Signus发现并细致分析的,他同样把这个发现发布在了我的文章的留言区。本文在这几位朋友的身上获益良多。“冠军的亲爹”尤其建议和鼓励了我的写作。尽管我知道这些名字都只是大家的网名,但是我还是觉得可以用这些名字致谢,我相信每个名字的背后都是一个好人和非常有能力的科研工作者。
* 才发现我用错了页面格式,导致这个页面不能留言。如果您想要用中文留言,请去旁边的 ARTICLE IN CHINESE 版面。谢谢!
引文出处: 1. Zhou P, Yang XL, Wang XG, Hu B, Zhang L, Zhang W, et al. A pneumonia outbreak associated with a new coronavirus of probable bat origin. Nature. 2020. 2. Ge XY, Li JL, Yang XL, Chmura AA, Zhu G, Epstein JH, et al. Isolation and characterization of a bat SARS-like coronavirus that uses the ACE2 receptor. Nature. 2013;503(7477):535-8. 3. Zeng LP, Gao YT, Ge XY, Zhang Q, Peng C, Yang XL, et al. Bat Severe Acute Respiratory Syndrome-Like Coronavirus WIV1 Encodes an Extra Accessory Protein, ORFX, Involved in Modulation of the Host Immune Response. J Virol. 2016;90(14):6573-82. 4. Hu B, Zeng LP, Yang XL, Ge XY, Zhang W, Li B, et al. Discovery of a rich gene pool of bat SARS-related coronaviruses provides new insights into the origin of SARS coronavirus. PLoS Pathog. 2017;13(11):e1006698. 5. Shang J, Ye G, Shi K, Wan Y, Luo C, Aihara H, et al. Structural basis of receptor recognition by SARS-CoV-2. Nature. 2020. 6. Hu D, Zhu C, Ai L, He T, Wang Y, Ye F, et al. Genomic characterization and infectivity of a novel SARS-like coronavirus in Chinese bats. Emerg Microbes Infect. 2018;7(1):154. 7. Korber B. HIV Signature and Sequence Variation Analysis. Computational Analysis of HIV Molecular Sequences. 2000;Chapter 4:55-72.