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March 15th, 2020

3/15/2020

219 Comments

 

从科学和逻辑的角度解释为什么武汉冠状病毒是人造的

​自从疫情发生以来,关于武汉冠状病毒的源头有非常多的争议。可以这么说,它的两种可能来源(自然进化或人造)似乎都有一定依据。对此全世界理应充分的分析和讨论。在社交媒体上,两种说法基本势均力敌。可是在科研论文或其他文章中,支持病毒来源于自然并谴责所谓“阴谋论”的占绝大多数。而支持另一边的,就是认为病毒来源于人造的,其科学论文或其他文章则几乎没有。在这篇文章里,我将用科学证据和逻辑推理来证明,这个武汉冠状病毒绝不是来源于自然。
 
我的分析会建立在确实可靠的证据之上。同时,我会主动排除不可信的,甚至是可疑的所谓证据。因为有些“证据”很有可能是中共主动掺进来,已达到混淆视听和掩盖真相之目的。鉴于此,我在分析中将扮演一个集科学家,侦探,和法官三重身份为一体的一个角色。
 
人们为什么觉得武汉冠状病毒的来源可疑
 
这种想法很大程度上源于对病毒序列的比较和分析。
 
一般有两种比较序列的方式,一个是比较基因序列,一个是比较蛋白质序列。对于病毒来说,这两种比较基本等同。这是因为病毒的基因序列基本全部被翻译成蛋白(病毒一般是一次性把自己的整个基因组翻译成一个长肽链,然后再用蛋白酶把它切成各个单独的蛋白)。所以我们在这儿就只用蛋白序列来比较几个相关的病毒。
 
通过这样的序列比较,很明显可以看出武汉冠状病毒和2003年的SARS冠状病毒有86%左右的一致性。这个程度的一致性基本就是说,两个病毒是同一类,但从进化角度来说,武汉冠状病毒肯定不是从SARS进化来的。这一点也是病毒领域里大家公认的。
 
值得注意的是,武汉冠状病毒与两个蝙蝠冠状病毒有极其诡异的相似性。这两个蝙蝠病毒(ZC45和ZXC21)统称为舟山蝙蝠病毒,因为都是从浙江舟山采集到的。从全序列的比较来看,舟山蝙蝠病毒和武汉冠状病毒一致性达到了95%。而对于序列里的绝大多数蛋白来说,这个一致性是普遍的,有的甚至更高,比如E蛋白的一致性是100%。Nucleocapsid蛋白是94%,membrane蛋白(膜蛋白)是98.6%,S2蛋白(spike蛋白的后半部分)是95%。然而,诡异的是,S1蛋白,也就是spike蛋白的前半部分,非常与众不同。在这里,两个病毒序列的一致性突然降到了69%。这种一致性的分布(所有其他部位95%,而仅一个特定蛋白69%)从遗传进化的角度来讲是极其诡异的。
 
说它诡异是因为自然进化绝大多数情况下是通过随机突变的方式进行的。那么假如仅仅是随机突变的话,祖先和后代之间序列上的差异是应该基本均匀分布的。或者说各个蛋白之间的一致性应该都差不多,不应该出现一个蛋白如此与众不同的局面。
 
那么有没有其他的进化方式会导致这样奇特的蛋白一致性的分布呢?是的,有一种方式可以做到,就是基因重组。我会在之后的段落里详细分析为什么天然的基因重组也不可能使舟山蝙蝠病毒或其近亲进化成为武汉冠状病毒。
 
现在,让我们把目光聚焦在这个与众不同的S1蛋白身上。
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​图1. 冠状病毒的模拟图。红色的就是spike蛋白。图片来源于美国疾病控制中心(CDC)
 
Spike蛋白就是装饰在病毒表面的红色的凸起(图1)。冠状病毒的名字就是从它而来,因为它使病毒在电镜下看起来就像皇冠。从功能角度来说,spike蛋白非同小可,它是冠状病毒的“钥匙”,可以打开我们(宿主)细胞的“锁”,从而进入并侵染细胞。
 
图2显示的是SARS的spike蛋白的结构。你可以把这样的结构想象为给真人拍的照片,它就是这个蛋白的真实面目。因为武汉冠状病毒和SARS冠状病毒的序列一致性也相当高,所以武汉冠状病毒的spike蛋白在结构上应该和这个SARS的spike基本一致。最近刚刚发表的文章也印证了这一点(1)。
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​图2. SARS病毒spike蛋白的结构以及它如何结合人体细胞上的受体ACE2。此图的制作是基于已发表的结构PDB ID: 6acj(2)。A)三个spike蛋白形成三聚体,每个spike蛋白都由两个基本等长的部分组成,S1和S2。B)S2部分(蓝色)负责三聚体的形成,而S1部分决定和细胞受体的结合。在SARS这里,受体是人体细胞的ACE2。C)此图进一步揭示S1和ACE2结合的具体细节。橙色部分就是S1中和ACE2结合最关键的一段肽链。此橙色部分囊括了所有和ACE2结合的细节。其中最关键的氨基酸以棍状结构做了标识。此段橙色序列就是后文中提到的,如同被从SARS的spike蛋白中“复制”出来,然后“插入”舟山蝙蝠病毒的spike蛋白中去的关键肽段。这一“操作”直接可以导致一个新的,能感染人的病毒的产生。
 
如图2所示,三个spike蛋白聚集到一起形成所谓的三聚体。这个三聚体的形成完全取决于S2,也就是结构中的泛蓝色部分。这个S2可以认为是一个“钥匙”中用手抓着的那个部分。它不进入“锁”里,但对“钥匙”来说又不可或缺(此“钥匙”必须形成三聚体)。
 
Spike蛋白的另半部分就是S1,即图中泛红色部分。S1就是和细胞的受体结合的最关键的部分。你可以把S1想象成一把“钥匙”中真正进入“锁”的那部分。它必须和“锁”(细胞受体)的内部的精细结构严丝合缝才能把细胞的“门”打开。一个“锁”能不能被一个特定的spike“钥匙”打开完完全全取决于这个S1。换句话说,S1决定了一个冠状病毒会感染哪个宿主,哪种细胞。
 
了解了这些之后,你应该能更深刻的体会到为什么我之前用“非常奇怪”或“极其诡异”来形容武汉冠状病毒和舟山蝙蝠病毒之间序列对照的结果。当所有其他的部分都几乎一样的情况下,唯独这个决定了病毒侵染哪个宿主的S1发生了极其显著的改变。
 
好,我们再放大看一下具体是S1中的哪一小部分决定了和宿主细胞受体的结合(图2C)。在这里,和SARS的spike结合的受体是人体的ACE2蛋白。S1中对此结合起关键作用的这段肽链被标记为橙色,其中对结合ACE2起至关重要作用的氨基酸被标识成棍状结构。这段橙色肽链囊括了所有和ACE2结合所需要的微观结构。从下面的分析中你会发现,这段本是SARS的spike蛋白所独有的,并能充分决定spike蛋白和人体ACE2蛋白结合的肽段基本上被“复制”进了武汉冠状病毒之中。
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​图3. 相关冠状病毒的spike蛋白的序列比对。参与比对的包括两个是武汉冠状病毒(Wuhan-Hu-1, 2019-nCoV_USA-AZ1),舟山蝙蝠病毒(Bat_CoV_ZC45,Bat_CoV_ZXC21), 和SARS冠状病毒(SARS_GZ02,SARS)。两条橙色线之间的是和ACE2结合的关键区间。其中对结合起至关重要作用的氨基酸以红色竖杠标记。两条绿色线之间的是furin酶切位点。这样的位点只存在于武汉冠状病毒,而在其他任何的beta类冠状病毒中从来没有观察到过。序列对比用的是MultAlin webserver (http://multalin.toulouse.inra.fr/multalin/)。
 
图3是六个不同冠状病毒的spike蛋白的序列比对。其中,两个是武汉冠状病毒(Wuhan-Hu-1, 2019-nCoV_USA-AZ1);两个是舟山蝙蝠病毒(Bat_CoV_ZC45,Bat_CoV_ZXC21);两个是SARS冠状病毒(SARS_GZ02,SARS)。快速扫一眼,你就能发现对于spike蛋白的后半部分(690之后),也就是S2部分,六个病毒的序列都很接近。区别主要在前半部分(1-~690),也就是S1。假如你观察位于最上面的四个病毒的话,即两个武汉冠状病毒和两个舟山蝙蝠病毒,你会发现它们的S1也大体一致,唯有两三处明显不同。然而,就是这几处不同,尤其是不同里面的细节,基本上让我和很多其他人确信,这个武汉冠状病毒是人造的,而绝非来源于大自然。
 
第一个重要的不同之处就是图中用橙色线标注的地方。很明显,武汉冠状病毒在这一个区间内与舟山蝙蝠病毒非常不一样。与之形成反衬的是,在整个基因组的其他任何区域两种病毒都是高度一致的(超过 95% 的一致性)。与此同时,武汉冠状病毒的这一段却与SARS的spike蛋白的相关片段高度相似。注意,这个用橙色线标注出来的部分就是图2C中显示为橙色的肽段。像我们之前提到的那样,这部分肽段包括了所有和ACE2结合所需要的微观结构。一个很直观的感觉就是,SARS中这个最关键的片段被“复制”了,然后“粘贴”进了舟山蝙蝠病毒中,从而制造出了武汉冠状病毒。
 
再稍微仔细一点儿观察后,你可能会发现武汉冠状病毒和SARS冠状病毒在这一段似乎还有相异之处,因此又不是很明显的“复制”和“粘贴”。可是,当你非常仔细地在微观结构层面分析SARS的spike蛋白如何与人体ACE2蛋白结合之后(图2C),你会发现S1中所有对结合ACE2至关重要的氨基酸(图2C中以橙色棍状标注的,同时也是图3中用红色竖杠标注的氨基酸)都基本被精确保留了或者是替换成了性质类似的氨基酸。另一方面,两种病毒的spike蛋白在这一区间的不同之处基本全在不影响与ACE2结合的位置上。仅从序列上的这种信息就可以判断,武汉冠状病毒不仅能与ACE2结合,而且其结合的方式与SARS的spike蛋白结合ACE2的方式决无二致(图2BC)。
 
而舟山蝙蝠病毒,因为它们的spike蛋白缺少很多关键的氨基酸,它们与ACE2结合进而侵染人体的可能性是非常非常小的。
 
我们再梳理一遍武汉冠状病毒和舟山蝙蝠病毒的序列比较:两者在绝大部分蛋白上都几乎一模一样(95%一致性),而唯独在spike蛋白的S1这里,一段SARS的spike蛋白中专门决定与人体ACE2结合的序列被生生的“继承”了过来,替换掉了的是原舟山蝙蝠病毒中一段无法与人体ACE2结合的肽段。而且这个还并不是生搬硬套的继承:所有的关键氨基酸被保留而不参与结合ACE2的很多氨基酸都变了。这种方式的“替换”不可谓不神奇,而这个神奇“替换”的结果就是武汉冠状病毒“获得”了感染人的能力。此能力是舟山蝙蝠病毒所不具备的。
 
自然进化能如此精准,同时具有如此的隐蔽性吗???
 
假如以上还不算触目惊心的话,我们再看看这里面的第二个“魔术”。这次关注的焦点是图3中两条绿线之间的部分。在这里,唯有武汉冠状病毒有一小段额外的序列,就是SPRRA。有了这个独特的序列后,武汉冠状病毒的spike蛋白就能够在这个位置被人体的furin蛋白酶剪切。而此种剪切是被证明可以增强流感病毒(含有类似的spike蛋白)的感染力的。需要注意的一点是,除了武汉冠状病毒病毒之外,自然界中还没有发现任何处于同一谱系(lineage B)中别的beta类冠状病毒有这样的furin酶切位点。
 
进一步解释为什么这些序列上的变化不可能来自自然进化
 
我们之前简短地解释了为什么随机突变不可能导致一个类似舟山蝙蝠病毒的祖先进化成为武汉冠状病毒。现在我们再进一步地说明这一点。确实,相对于其他部位来说,冠状病毒的spike蛋白更容易出现变异。然而,当两个病毒的S1差异很大时,必然是因为它们在很早很早之前就分开进化了,并且进化过程中频繁地随机变异以适应不同的宿主(因为S1是决定侵染什么宿主的)。这种情况下,不光是两种病毒的S1部分一致性低,它们整体序列一致性一定也是偏低的。而现在的情况是武汉冠状病毒和舟山蝙蝠病毒全序列一致性高达95%,显示这两个病毒是非常近的近亲。在这个前提下,出现S1蛋白一致性只有69%的现象是完全不可思议的。所以说,武汉冠状病毒的S1蛋白绝对不可能是由舟山蝙蝠病毒的S1蛋白通过随机变异的方式进化而来的。
 
好,那我们再来说一下为什么武汉冠状病毒也不可能以基因重组的方式进化而来。
 
基因重组是指一个长基因中的某段可以被其他基因中与之类似的一段置换。基因重组也是自然进化的方式之一。它发生的频率远远低于随机突变。可它一旦发生,往往会给基因组里的某些位置带来非常大的,有时甚至很神奇的变化。
 
假如是自然进化中的基因重组导致了武汉冠状病毒这个神奇的存在,它会怎么发生呢?首先,这样的基因重组要想发生必然是一个类似舟山蝙蝠病毒的祖先和另一个冠状病毒同时侵染了一个动物体的同一个细胞。在这个前提下,非常偶然的会出现我们需要的基因重组,就是这个祖先病毒的某一段被另一个冠状病毒中的相似片段所替换。非常重要的一点是,从一个舟山蝙蝠病毒那样的祖先出发,最终进化出武汉冠状病毒的话,一次基因重组是不够的,必须有两次基因重组才可能进化出如此的结果。其中一次,这个祖先病毒必须和一个类似SARS的冠状病毒共存,然后通过基因重组精确地得到S1蛋白中专门和人体ACE2结合的那一小段(图2和图3中以橙色标记的部分)。除此之外,在另一个契机中,这个经过以上“改良”的祖先病毒还要再和一个在S1和S2之间包含furin酶切位点的冠状病毒共存于一个细胞,并通过基因重组将这个furin酶切位点准确地置换了进来。
 
另外,像我们提过的那样,基于舟山蝙蝠病毒和武汉冠状病毒高度的一致性(95%),我们可以合理推测出两种病毒并不是远古之前分开进化的。也就是说,以上提到必须发生的两个基因重组也都应当是相当近的年代发生的。
 
好,我们知道SARS的出现并感染人其实是进化中非常偶然的一件事。这也说明,要想自然中再出现一个和SARS类似,能侵染人,既结合人体ACE2,同时S1里的关键序列又和SARS不太一样的冠状病毒应该是更偶然的一件事。再让这样的一个类SARS病毒与舟山蝙蝠病毒共存并发生精确的基因重组,那几乎就是不可能的。除此以外,furin酶切位点在已知的同一谱系(lineage B)的beta类冠状病毒的spike蛋白中都是不存在的。虽然类似的furin酶切位点在相隔较远的冠状病毒中被发现过,但没有一个位点的氨基酸序列和武汉冠状病毒中的这个一模一样。也就是说,让舟山蝙蝠病毒和另外一个含有如此序列的furin酶切位点的冠状病毒共存于一个细胞,并通过基因重组将此furin酶切位点置换进自己的基因组,其可能性也是非常非常小的。
 
那么好,让这两个几乎不可能的事都发生的可能性是多少?我的答案是没门儿,现实中没有可能。因此,武汉冠状病毒绝对不可能来自于自然。
 
为什么有些文献必须被排除在外
 
有些关注了最近发表的科学论文的人可能会说,以上的分析是不对的,因为某个非常重要的发现并没有被考虑进来。而恰巧,这个发现是与我的论点相悖,支持病毒来自自然进化的。那我为什么敢对它完全无视呢?
 
简单一点儿的答案就是,我认为这个发现, 或者说“证据”,很有可能是伪造的。
 
请允许我现在转换我的角色,从一个科学家变成一个警探或者法官。假如我们把这个事件当成一个正在被调查或庭审的案件的话,那我们这里有一个最大的嫌疑人,就是来自武汉病毒所和P4实验室的冠状病毒专家,石正丽博士。从武汉疫情爆发刚一开始,就不停的有人怀疑是石正丽人工制造了这个病毒,并有意或无意地把它释放了出去。石一直是最大的,甚至唯一的嫌疑人。有意思的是,石在几周前在自然杂志(nature)发表了一篇论文(3)。里面她将当时刚刚公开不久的武汉冠状病毒的序列与其它beta类冠状病毒的序列做了比较,并由此描绘了武汉冠状病毒的可能进化路径。文章里报道了一个全新的蝙蝠的冠状病毒,RaTG13。此RaTG13与武汉冠状病毒有非常之高的一致性。这里最神奇的是,这个高一致性(98.5%)或者说非常低的变异率是均匀遍布于基因组的各个部分或者说各个蛋白的。我们之前怀疑武汉冠状病毒来源于人造,其主要根据是武汉冠状病毒与舟山蝙蝠病毒之间序列的一致性分布非常诡异,无法用自然进化解释。这个问题在RaTG13身上则完全消失了。RaTG13的spike蛋白和武汉冠状病毒的spike蛋白也高度一致(97.4%),与两个病毒间在其他部位的“变异频率”是一样水平的。第一眼看过去,这个RaTG13很明显就是与武汉冠状病毒同源的,两者不久之前有一个共同的祖先,从那分支并各自进化而来。这一“发现”有力地证明武汉冠状病毒是来源于自然的。这篇报道了RaTG13的论文就是被我完全无视,在之前的分析中故意忽略的“证据”。
 
根据可靠的消息来源,石正丽跟几个人分别承认过,她手中并没有真正的RaTG13的毒株。据她说,她的实验室是在七年前从云南的蝙蝠的粪便中分析基因片段,从而寻找可能存在的冠状病毒时发现的这个RaTG13的基因。用稍微通俗点儿的话说,事实上她是没有实物证据能证明RaTG13存在的,她只有这个病毒的基因序列,也就是一个由ATCG四个字母以各种方式组合出来的长链。
 
这个序列可不可能被伪造呢?这个其实再容易不过了。让一个人坐那儿往一个word文档里打字就可以了。一共不到3万个字母,不到一天就完活儿了。要是你还有一个模版序列,它和你想要得到的序列有98%是一摸一样的,那这个工作就要更容易一千倍了。新序列打完之后,只要上传到网上公开的基因数据库就可以了,期间没有什么严格的审核。上传了的序列就可以被公开引用,并拿来分析数据和发表文章了。
 
那么,现在的问题就是,这样一个RaTG13的序列能不能拿来当作证据呢?别忘了,这个事很核心的一点就是到底是不是石正丽本人制造了这个病毒。假如真是人为制造的话,那么这可以说是人类有史以来最大的犯罪,而石是这里唯一最大的嫌疑人。这种情况下,石是不是有为自己掩盖罪行的动机呢?假如她在自证清白时所用的证据不过是她刚刚在word文档中打出来的一连串字母,法官,陪审团,受害者,或者任何人应不应该认可这样的证据呢?
 
非常不幸的是,最近发表的很多科研论文都把分析和推理建立在这个RaTG13的序列之上。它们的结论也自然毫无意外:武汉冠状病毒一定来源于自然进化。我希望读者们能认识到或认同我的看法,就是这个RaTG13的序列很可能是石正丽伪造的,所以以此为依据得到的任何所谓科学判断都需要打个大大的问号。
 
好,我们现在再换一个角度看。这个RaTG13病毒的序列是很震撼的。任何这个领域的专家只要瞥一眼它的spike蛋白的序列就会立马意识到这个病毒和SARS很像,很可能可以结合人体ACE2,所以它非常可能具有感染人的能力。石本人就是这样的专家。石正丽实验室对外宣称,她们研究的目的就是希望通过对蝙蝠的冠状病毒的充分了解达到能够预警人类的作用,防止类似SARS那样的健康灾难的发生。那么本着这样的心态,石正丽怎么会在七年之间似乎完全忽视了一个像RaTG13这样的病毒呢?她怎么能忍七年而不发表这个惊人的发现呢?为什么只是在武汉疫情爆发之后,当人们开始怀疑武汉病毒的来源的时候,石突然决定发表这个RaTG13的序列呢?
 
所有这些都不符合常理。这些事实放在一块儿只能让人更加地怀疑石正丽。她或者直接参与了制造这个病毒,或者在帮忙掩盖真相,或是两者兼而有之。另外,这些事实当然也更加说明,这个RaTG13的序列必须被排除于任何的科学分析之中。
 
同样需要排除在外的是所谓穿山甲是病毒从蝙蝠传播到人的中间宿主这一说法。二月初的时候,华南农业大学的三位研究人员召开了一个新闻发布会,声称他们最新的科研结果显示穿山甲很可能是病毒的中间宿主。首先,这个新闻发布会召开的时间点就很可疑,当时坊间开始讨论说蝙蝠病毒不可能直接传染人,需要有一个中间宿主(因为病毒的spike蛋白需要在一个有类似于人的ACE2的动物中“学习”和适应如何与这样的ACE2结合)。以往的经验告诉我们,当什么事情必须存在才能让中共自圆其说的时候,这个事情一定会神奇的出现或者被某个中共控制的人“亲口证实”,就像石正丽的RaTG13。这次从天而降的是穿山甲的冠状病毒(从而佐证穿山甲是中间宿主)。这些科研人员都等不到发文章了,直接表示他们有证据:一个序列(又是序列)。具体来说,是他们发现的穿山甲冠状病毒的S1蛋白的受体结合区域(也就是和ACE2结合的区域,英文简称RBD)的序列信息。和之前一样,没有活体病毒,只是序列信息,而且当时还没公布。像我们在讨论RaTG13时提到的,这样的序列信息在word文档里打字就可以了。这次这个RBD更短,几分钟就能打完了。基于这种情况,这个穿山甲冠状病毒的序列信息同样有很大的可能性是中共为混淆视听而伪造的。
 
幸运的是,领域里人似乎也很快就放过了穿山甲。最终这些穿山甲冠状病毒的序列信息被两个科研组(华南农大和香港的管轶的科研组)分别发表并公布出来(4,5),可是这些序列却没能让业界相信穿山甲是中间宿主。这其中有一部分原因是穿山甲冠状病毒的spike蛋白序列中也没观察到furin酶切位点。
 
所以,就像RaTG13一样,最近这些证实穿山甲为中间宿主的科研论文也应该在分析时被排除在外。事实上,就在刚刚,这几个华南农大的研究人员向媒体承认,在对穿山甲冠状病毒的全序列分析之后,他们认为自己之前的说法有误,穿山甲不是武汉冠状病毒可能的中间宿主。
 
一些应该被高度关注的科研文献
 
我们刚刚花大篇幅解释了为什么某些“科研证据”必须被排除在外。现在我们再来看看某些其他的文献和证据必须被高度关注和认真参考。
 
第一,这两个与武汉冠状病毒具有诡异相似性的舟山蝙蝠病毒(ZC45和ZXC21)是由中共的军事科研单位收集并发现的。他们把科研结果,其中包括舟山蝙蝠病毒的序列信息,在2018年发表了(6)。在这里我想强调两点:一,如果武汉冠状病毒是人造的,那它一定是用舟山蝙蝠病毒为模版(template)做的;二,这篇文章揭示全世界只有中共手中有舟山蝙蝠病毒。
 
第二,石正丽在2015年与人合作发表了一篇Nature Medicine的文章(7)。他的合作者是北卡大学的Ralph Baric教授。这篇文章揭示了如何把一个普通的蝙蝠冠状病毒变成一个能侵染人的病毒。具体来说,他们把一个原本对人无感染能力的蝙蝠冠状病毒的spike蛋白换成了能够与人体ACE2结合的一个spike蛋白。这一个改变就把原来的蝙蝠病毒变成了针对人的冠状病毒。好,现在我们回头看看,在武汉冠状病毒发生的事基本就是按着这篇文章的脚本儿来的。现实中,并不是整个的spike蛋白被替换了,而只是替换了spike蛋白的S1中最关键的一部分。这个最小程度的改变却充分地给了被改造后的病毒感染人的能力。这里真正的不同之处是,这种微妙地改变spike蛋白的方式让试图找寻病毒来源的人们更容易迷失方向。
 
第三,一篇2006的文献揭示,以人为的方式在SARS病毒spike的S1和S2之间插入一个furin酶切位点之后,病毒和细胞膜融合的能力出现了大幅度的提高(8)。虽然如此操作并没有像预期的那样让这个实验室病毒出现超强的感染力,但已经公认的是存在furin酶切位点的流感病毒的致病性比没有这样位点的流感病毒高出很多。神奇的是,这个操作也如出一辙地出现在了武汉冠状病毒的spike蛋白之中(图3中绿线标注的肽段)。另外,拥有furin酶切位点的流感病毒通常可以感染更多类型的细胞,因而攻击的器官往往不局限于肺。假如你关注了一些最近有关武汉冠状病毒的病症特征的话,你可能已经注意到了,几个独立的报道已经描述了这个病毒不但攻击肺,同时也能攻击肝,心,血管,甚至中枢神经系统等等。
 
清晰的证据链和逻辑链显示中共为制造武汉冠状病毒的元凶
 
假如你把以上这些信息稍作整理,你会发现假如是中共制造了武汉冠状病毒的话,这件事是多么的符合逻辑。很明显,制造这个病毒所用的的模版,也就是舟山蝙蝠病毒,只有中共手里才有(6)。在这个基础上,他们要做的就是改变这个蝙蝠病毒的某些地方,让它变得能感染人,而且最好是传染性极强。而实际上发生的就是他们完全按着两个发表过的概念做出了这个新病毒(7,8):1)他们依照SARS蛋白结合ACE2的方式对舟山蝙蝠病毒的spike蛋白做了精确的改造,使之能按照SARS的spike那样的方式结合人体ACE2。如此一来,新病毒变得能感染人了;2)他们在spike蛋白的S1和S2之间插入了一个可以让furin酶来切割的位点,而此操作有可能让病毒增加致病力以及传染力。这两个概念可以说是中外文献中能找到的,仅有的两个如何改进冠状病毒的方式。结果,两者在武汉冠状病毒的身上都被完美的体现了。假如是大自然制造了这个病毒,那大自然一定非常仔细地研究了近些年人类在这方面的科研成果,并且把人类的几个最重要的发现极为忠实地应用在了她的工作之中(2,6,7,8)。
 
我们也可以再往回想一想。为什么中共治下有那么多的科研单位这么努力地在各处寻找冠状病毒呢?事实真是像他们说的那样,是为了更好地了解冠状病毒各种可能性,进而更好地预测未来可能由新的冠状病毒导致的疫情吗?那他们为什么不把精力花在制造广谱的冠状病毒疫苗或者是针对冠状病毒中的某个保守性高的药物靶点而制药呢?后者不但对人类健康更有直接意义,而且比预测哪个冠状病毒未来会爆发要容易不知多少倍。
 
另外一种可能性,就是他们收集这些野生动物的冠状病毒是为了制造生物武器。到底哪一个是真相?你可以自己判断。
 
对我来说,答案再明显不过,这次的武汉冠状病毒就是中共所制造的生物武器。
 
基于以上罗列的事实和对这些事实的分析,一个最合理的结论就是,除非中共能提供有效的证据证明自己是清白的,否则全世界已经有足够的理由相信武汉冠状病毒就是中共人工制造出来的。
 
 
引文出处:
 
1.         Daniel Wrapp NW, Kizzmekia S. Corbett, Jory A. Goldsmith, Ching-Lin Hsieh, Olubukola Abiona, Barney S. Graham, Jason S. McLellan. Cryo-EM Structure of the 2019-nCoV Spike in the Prefusion Conformation. Science. 2020.
2.         Song W, Gui M, Wang X, Xiang Y. Cryo-EM structure of the SARS coronavirus spike glycoprotein in complex with its host cell receptor ACE2. PLoS Pathog. 2018;14(8):e1007236.
3.         Zhou P, Yang XL, Wang XG, Hu B, Zhang L, Zhang W, et al. A pneumonia outbreak associated with a new coronavirus of probable bat origin. Nature. 2020.
4.         Kangpeng Xiao JZ, Yaoyu Feng, Niu Zhou, Xu Zhang, Jie-Jian Zou, Na Li, Yaqiong Guo, Xiaobing Li, Xuejuan Shen, Zhipeng Zhang, Fanfan Shu, Wanyi Huang, Yu Li, Ziding Zhang, Rui-Ai Chen, Ya-Jiang Wu, Shi-Ming Peng, Mian Huang, Wei-Jun Xie, Qin-Hui Cai, Fang-Hui Hou, Yahong Liu, Wu Chen, Lihua Xiao, Yongyi Shen. Isolation and Characterization of 2019-nCoV-like Coronavirus from Malayan Pangolins. bioRxiv. 2020.
5.         Tommy Tsan-Yuk Lam MH-HS, Hua-Chen Zhu, Yi-Gang Tong, Xue-Bing Ni, Yun-Shi Liao, Wei Wei, William Yiu-Man Cheung, Wen-Juan Li, Lian-Feng Li, Gabriel M Leung, Edward C. Holmes, Yan-Ling Hu, Yi Guan. Identification of 2019-nCoV related coronaviruses in Malayan pangolins in southern China. bioRxiv. 2020.
6.         Hu D, Zhu C, Ai L, He T, Wang Y, Ye F, et al. Genomic characterization and infectivity of a novel SARS-like coronavirus in Chinese bats. Emerg Microbes Infect. 2018;7(1):154.
7.         Menachery VD, Yount BL, Jr., Debbink K, Agnihothram S, Gralinski LE, Plante JA, et al. A SARS-like cluster of circulating bat coronaviruses shows potential for human emergence. Nat Med. 2015;21(12):1508-13.
8.         Follis KE, York J, Nunberg JH. Furin cleavage of the SARS coronavirus spike glycoprotein enhances cell-cell fusion but does not affect virion entry. Virology. 2006;350(2):358-69.

219 Comments
农场小哥
3/25/2020 04:11:44 pm

非常棒的分析文章。众多亮点之中的突出亮点是对石郑丽那个匆匆发表的基因序列为刻意伪造的推理判断!如果加上插入的vector的基因片段分析和HIV的片段分析就完美了!

Reply
Coast
3/25/2020 04:20:08 pm

板上钉钉的科学依据

Reply
Nerd has power
3/26/2020 05:04:42 am

谢谢!vector的基因片段我不是很确定,所以没有贸然讨论。不过我确实考虑要不要写一下他们大概是怎么制作这个新病毒的,当然是以猜测为主,不过我觉得我已经猜出个了大概,可以写一写,只怕不会有太多的意义。如果写的话,我会再好好研究一下用shuttle vector的可能性。
至于HIV片段,我其实不是很支持印度科学家的这个论断。从序列上来说,插入的片段并不是唯一的指向HIV。而且即使是插入了几个简短的HIV片段也不会让这个冠状病毒兼具HIV病毒的特点。或者说,要想把HIV的那些特性加进来,这几个改变是完全不够的,那得是翻天覆地的变化。别说石正丽,可以说任何人现在都做不到。

Reply
Wang, Fang
3/25/2020 07:52:41 pm

2013年, Nature官网原文, "分离和鉴定萨斯样的蝙蝠冠状病毒, 该病毒使用ACE2受体", Isolation and characterization of a bat SARS-like coronavirus that uses the ACE2 receptor, 文中声称蝙蝠来自云南, 而应用的ACE2来自人类: https://www.nature.com/articles/nature12711
这是石正丽最早的犯罪记录文章, 为何不提?
《自然》杂志泄密新冠病毒的发源地, 请参考:http://blog.creaders.net/u/5129/

Reply
hyon.gwang
3/25/2020 09:30:36 pm

cctv13,<<24小时>>,20180405,23:20
科学家发现新形冠状病毒

Reply
Nerd has power
3/26/2020 05:11:40 am

多谢提醒!我写的时候尽量要求只引用最关键的文献,所以这个文章没有引用。您说的对,这确实是石的发现。不过,我觉得这个13年的文章还算是正经的,有益的科学发现。另外,之后SARS的spike和human ACE2的结构有了以后,这个事实就铁板钉钉了。所以我在引用了那篇结构文章之后就没有提石之前的这篇文章。

Reply
bibubu link
3/27/2020 05:33:53 pm

不错,这个是石正丽他们疏忽的几个铁证线索

Reply
Nerd has power ---- 更正 3/29/2020
3/29/2020 08:44:02 pm

有位同仁为我之处之前的两处错误,我今天给文章做了一些相应的改正:
第一,2006年的那篇文章(引文中的最后一个)中说病毒的传染性并没有增加。之前的版本我确实是写感染力增加是错了。我读的文献记混了,写的时候没有好好审查。刚刚已经在文中做了纠正:furin酶切位点能够增加流感病毒的传染性和致病性,而并没有增加2006那篇文中提到的pseudo virus的传染性。
第二,我之前说furin酶切位点在所有的beta类冠状病毒中都不存在,这是不正确的。它只是在lineage B这个分支里不存在(目前),在lineage A 和其他冠状病毒中是可以存在的,只是具体这个序列的furin酶切位点确实没有在任何已知的冠状病毒中存在。我得承认,这个改变略微有损于我的一个结论,就是furin酶切位点完全不可能以基因重组的方式被转移进武汉冠状病毒中。我也相应地调整了说法。即使是这样, 我依然认为基因重组导致武汉冠状病毒的自然诞生是基本不可能的。所以,从整体来说,这个改变也不影响的最后的结论。我依然认为武汉冠状病毒就是人造的。

Reply
Lyxar F voramann
4/24/2020 06:51:28 pm

Lineage A的betacoronavirus上的那个切点是Trypsin切点,不是furin切点。
这也是为什么学界普遍要求必须在lineage B的病毒中找到插入物,才能证明PRRA自然起源的原因。
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3789674/

Reply
Nerd has power
5/2/2020 05:22:06 am

多谢您的更正!

Tollans Delkinstein
3/29/2020 10:06:14 pm

RaTG13的保密,可能还有一个原因—作为近年来一直在进行的冠状病毒重组研究和生化武器研究的骨架序列使用。这也是新冠和RaTG13的S2蛋白氨基酸序列一模一样,但核苷酸差了79个之多的反常现象的来历。
之前关于这方面的文献,谷歌学术上一搜一大堆。
以下只是冰山一角
Title: Difference in Receptor Usage between Severe Acute Respiratory Syndrome (SARS) Coronavirus and SARS-Like Coronavirus of Bat Origin.
This is a paper from the Wuhan bio lab in 2007:
Combined HIV with the ACE2 molecules of human, civet, or horseshoe bat. Constructed chimeras by inserting SARS. The chimera gained ability to enter cells via human ACE2
>https://jvi.asm.org/content/82/4/1899

Title: A Mouse Model for Betacoronavirus Subgroup 2c Using a Bat Coronavirus Strain HKU5 Variant.
We introduced the SARS S glycoprotein ectodomain with the Y436H substitution into the BtCoV HKU5 genome (BtCoV HKU5-SE), and a recombinant chimeric virus was isolated that was capable of productive infection in culture and in young and aged BALB/c mice.
>https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24667706

Title: Identification of 2019-nCoV related coronaviruses in Malayan pangolins in southern China.
Researchers, trying to prove that animals such pangolins are the missing link between bats and human for coronavirus transmission, constructed a chimeric coronavirus, substituting parts of the RDB of Bat coronavirus RaTG13 or KP876546 or similar with sequences from pangolins that better binds to ACE2.

GX_P2V/pangolin/2017/Guangxi was isolated in Vero E6 cells from a dead smuggled pangolin in 2017, and its complete genome has been submitted to GenBank. [7] A library of 2080 approved drugs (catalog No. L1000) and a library of 326 anti-virus compounds (catalog No. L1700) produced by TargetMol were purchased from Topscience (Shanghai, China). Oligonucleotides used in the study can be found in Supplementary Table 1

They pre-adapted the virus in VERO E6 cells, before using genetic engineering to construct chimeric “pseudotypes” out of it “to test drugs”. More like producing a disguised bioweapon to target specific political groups that the environmentalists weren’t fond of, in order to shift the blame to “wet markets” and “eating wild animals” in case their virus were found out.

>https://www.researchgate.net/publication/339356502_Identification_of_2019-nCoV_related_coronaviruses_in_Malayan_pangolins_in_southern_China

Title: Methods and compositions for chimeric coronavirus spike proteins.
The present invention provides compositions and methods comprising a chimeric coronavirus spike protein.
>https://patents.google.com/patent/WO2015143335A1/en

Title: Manipulation of the Coronavirus Genome Using Targeted RNA Recombination with Interspecies Chimeric Coronaviruses.
Targeted RNA recombination has proven to be a powerful tool for the genetic engineering of the coronavirus genome. Here we describe procedures for the generation of recombinant and mutant mouse hepatitis virus … using an interspecies chimeric coronavirus. … this chimeric virus is used as the recipient for recombination with synthetic donor RNA. Additional mutations created in the donor RNA can be co-incorporated into the recombinant virus in order to generate mutant viruses.
>https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19057874

Title: Genomic characterization and infectivity of a novel SARS-like coronavirus in Chinese bats.
To study the possibility of cross-species transmission of SL-CoVs carried by bats using suckling rats as an animal model.
>https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/30209269
Botched coronavirus vaccine studies that caused symptoms in animals, that are suspiciously similar to that of Covid-19:

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/22536382/


https://www.tandfonline.com/doi/full/10.1080/21645515.2016.1177688


https://jvi.asm.org/content/85/23/12201


https://insight.jci.org/articles/view/123158


And this.
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/16519916/
They know that splicing in a furin cleavage site to the SARS virus dramatically increased it’s infectivity, perfect for bioweapons-related gain-of-function research, all the way back in 2006.


https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867420302622


Cryo-EM structure studies that indicate that there are no O-linked

Reply
Nerd has power
3/30/2020 07:31:20 pm

谢谢你列出的文献,有些我还没读过。我也同意你说的另一种可能性,就是RaTG13有可能是他们筛选,制造bioweapon过程中的前期产品,或是一个效率偏低,因而已经被淘汰的产品。

Reply
看看这篇文章
4/6/2020 09:06:59 am

看看这篇文章https://m.yicai.com/news/100518190.html

Reply
Nerd has power
4/6/2020 09:49:07 pm

谢谢!这个文章我之前没看过,但这个说法是知道的。蝙蝠的病毒当然可能直接感染人,石之前的文章就显示了这个可能性。不过假如你看了石的2013 nature和2017 Plos Pathogen 的文章的话,你就会更怀疑为什么石会将2013年发现的,长得最合她口味的RaTG13搁置7年。不管是这个RaTG13病毒确实存在而石之前从来不提,还是这个病毒根本不存在而序列是编造的,都说明这里边有极为不可告人的秘密。

Reply
coins
4/8/2020 12:36:47 am

之前看到一篇知乎上的文章说这次的病毒受体结合域的位置非常特殊,和SARS不同,若是人工合成不应该选择此区域,以此反证此病毒为自然进化而来。但通过您文章中换位思考的方式,也可以认为这个病毒是一个设计不太完美的“失败品”,因为受体区域没有设计得更好。

Reply
Nerd has power
4/9/2020 04:59:37 am

知乎上的说法是不对的。最近刚刚有一篇nature文章问世,作者用晶体结构解析了此武汉冠状病毒的RBD如何与人体ACE2结合 (https://www.nature.com/articles/s41586-020-2179-y)。文章结论就是这个结合方式和SARS的一模一样,可以说印证了我的prediction。另外,结合力是大幅增加了的。我其实不觉得这是一个不太完美的失败品,我在comment里提到这点是因为我觉得这是不能否认的一个可能性。我更认为它是被设计,并很可能被优化过的。

Reply
Nerd has power
4/9/2020 05:13:06 am

我才发现,我在comment里说的是RaTG13有可能是个不太完美的过渡产品,不是武汉冠状病毒。再澄清一下。另外,那篇nature文章也印证了这个RaTG13的RBD也能结合人体ACE2,也和我的预测一样。假如RaTG13病毒真的存在,石正丽绝对没有理由搁置它七年。只要看一眼这个RaTG13的RBD的序列,石就应该把它奉为掌上明珠,要么拿去发nature,要么.......藏起来准备改造。我觉得更大的可能性还是她编造了这个RaTG13的序列,而病毒并不真实存在。

CC
4/9/2020 12:38:06 pm

这些实锤对个人和社会预防有什么意义?有没有弱化S1和furin切片功能的药物?
另外最新韩国也发现了康复患者复阳的情况,有康复患者体内抗体非常少甚至没有,这个和插入的HIV片段有关系吗

Reply
Nerd has power
4/9/2020 07:53:39 pm

单纯对寻找药物或疫苗来说,这些信息可能有一些作用,但有限。比如说,某些我们用的疫苗其实是用弱化了的病毒。假如这样的弱化了的病毒感染力不高,不造成任何的疾病,但却能有效引导人的免疫反应,那就是可能的疫苗。现在就有人在试图拿掉武汉病毒的furin酶切位点,从而弱化病毒。至于此方式是否能产生理想的效果,最后做出疫苗,那只有实验了才知道。我个人觉得这个改造可能需要和别的改造相结合。anyway,这只是个例子。总之,我个人认为,文章里的分析在这方面帮助可能并不大。
其实我觉得这些信息更大的作用在于预防 -- 预防中共。假如中共这个魔鬼这次逃脱惩罚的话,它一定还会在未来放出更邪恶的东西。中共不被消灭,全人类都不会安全。假如您也认同这一点的话,请您帮着转发,让更多的人看清中共在其中的角色,看清它对全人类的威胁。

Reply
ll11ll11
5/11/2020 02:45:03 am

这些话能不能去掉。因为这会让人觉得你对中共有偏见会影响你的科学judgement。
可能有些人看到这些就产生怀疑而不再想看你的proof了,即使它是正确的。

dren
5/11/2020 08:58:23 pm

同意ll11ll115的意见,您文章中对科学讲的很细,但是提及中共的部分都有过大的逻辑跳跃,而缺乏直接证据,降低了文章的说服力。

Oliver
5/12/2020 03:45:38 am

你非常坚信是人造的几点推理是:1, 石正丽绝对没有理由搁置它七年; 2, 中共这个魔鬼;3,你觉得更大的可能性还是她编造了这个RaTG13的序列;4,序列的相似性;5,自然衍化的不可能性。如果你把这些呈现给法官和陪审团的话,你认为他们会同意你吗?如果你换一个角色,如果没有今天的病毒大爆发,2013年的时候你拿到了RaTG13,从推理上可能会传染给人,你敢肯定吗?或者说,即使你当年很肯定,你不发表或者未能发表会不会有其他原因呢?

Nerd has power
5/15/2020 04:17:29 pm

谢谢各位的建议!我知道大家都是本着追寻真相,改进文章本身而给我提的建议,我非常感激。我觉得在文章的分析中不加入政治的考量是不可能的。因为他们假如真如我分析的那样,做假了的话,那是由于政治的需要,不仅仅是石正丽个人的需要。完全避开政治,我这个东西就会变成和大家常见到的、在大庭广众之下大谈病毒来自于自然的科研文章一样了。

我显然是确信我自己的分析和结论的,要不然我也不敢把它放到这儿让大家充分地评判。那么可想而知,我自己确信目前的这个世界性的灾难,包括我自己的家人亲人所受到的威胁和损失,是由谁造成的。说我比写这个文章之前更恨他们是准确的,不为过的。

说起来,假如三年之前我看见什么文章对中共言辞激烈的话,我也首先是起疑,很有可能鼻子一哼就置之不理了。谁想得到几年后的今天我就在说这同样的话呢?想一想我自己当年,我就很清楚,当类似这样的真相第一次突兀地出现在你面前的时候,你不一定马上接受得了,这是人之常情。

那是不是就不该说这个真相了呢?我还是一样的观点,本文对如何治疗没有任何帮助。对文章本身感兴趣的人都是因为对真相的渴求或好奇。除此之外的人甚至没有必要来读这个文章。既然大家是冲着真相来这儿的,那我就应该把我认为的真相说出来。认可我的分析的人会自己思考我所谓的这个真相到底真不真。不认可我的分析的人,我自然也没有机会说服他认可我的结论。不管怎样最后都是您个人的判断。我个人认为,揭示病毒来自于实验室的真相与解释中共为罪魁祸首的真相一样重要,甚至后者更&#

Nerd has power
5/15/2020 04:20:20 pm

我个人认为,揭示病毒来自于实验室的真相与解释中共为罪魁祸首的真相一样重要,甚至后者更为重要。除恶务尽,否则是对自己的生命和安全不负责。所以,很抱歉,我不会删除这些留言。我还没有主动删除过任何留言,希望能这么保持下去。

ll11ll11
5/19/2020 05:13:15 am

我不是想说服你做什么,像nerd您这样聪明而骄傲的人是很难被说服的。其实我自己是99%相信这个是实验室做出而泄露的,(看到你这个之前可能只有70%相信。)
但是你文中带进来对中共的情绪,是真的weaken了你的argument,不是strengthen。我们都知道中共是邪恶的,但是你把它带到文章里来,让人感到你有confirmation bias, 我们小时候也学过吕氏春秋里那个怀疑邻居偷他斧子那个故事。
中共的东西可以放到别的地方说或者开篇单说,这样这两个文章都更有说服力。

Erebus D. Issac
4/10/2020 03:49:15 am

这是一篇美国人对于病毒起源的论述。其中提到新冠RBD对穿山甲ace2的结合能力要远低于对实验室常用的培养病毒用的动物树鼩鼱和雪貂的。甚至也不如对灵长目动物比如猴子或人的。https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.04.04.025080v1.article-info
树鼩鼱是结合力最强的,而树鼩鼱正好是2018年广东大学提出的用于培养和测试可以传染人的病毒的最佳实验动物。

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6177411/
是否来源于研究所实验动物泄漏?

Logistical and Technical Exploration into the Origins of the Wuhan Strain of Coronavirus (COVID-19)
Posted on January 31, 2020 by harvard2thebighouse
An accessible and comprehensive YouTube summary of the report below by a Professor of Neurobiology at the University of Pittsburgh’s Medical School is available here. And you can read our takedown of Nature magazine’s recent article claiming COVID-19 definitely wasn’t from a lab here.

This report is the product of a collaboration between Dr. Karl Sirotkin, a retired professional scientist with dozens of peer-reviewed publications and 30 years of experience in genomic sequencing and analysis, who worked at the Theoretical Biology Division of the Los Alamos National Laboratory and later helped design several ubiquitous bioinformatic software tools, as well as a former NSA counterterrorism analyst. It considers whether the Wuhan Strain of coronavirus (COVID-19) is the result of naturally emergent mutations against the possibility that it may be a bio-engineered strain – directly altered by genetic manipulation, subject to artificially-guided evolutionary selection, or both – most likely released into the public by accident since China’s rate of occupational accidents is about ten-times higher than America’s, and some twenty-times more than Europe’s, the only other regions with high-level virology labs.
Raising the odds of an accidental release, researchers from China’s only BSL-4 lab in Wuhan were reported to have particularly sloppy field research methods, being both bled and peed on by local bats that host coronaviruses remarkably similar to the Wuhan Strain COVID-19. And they’ve also been reported to smuggle used research animals out of their labs, selling them for cash on the street. Perhaps unsurprisingly, in mid February the Chinese Ministry of Science sent out a directive to all its labs emphasizing the important of carefully handling bio-infectious agents and alluding to slack oversight and past lapses, even mentioning coronaviruses specifically.
Mistakes may have been precipitated by the need to quickly finish research that was being rushed for Johns Hopkins’ Event 201 which was held this past October and meant to gameplan the containment of a global pandemic. Research may also have been hurried due to deadlines before the impending Chinese New Year – the timing of these events point to increased human error, not a globalist conspiracy. Beijing has had four known accidental leaks of the SARS virus in recent years, so there is absolutely no reason to assume that this strain of coronavirus from Wuhan didn’t accidentally leak out as well. This is unlikely to be a plot twist in one of the novels Tom Clancy wrote after he started mailing it in.
Simply and horribly, this is likely to become another Chernobyl or Fukushima – a catastrophic illustration of mankind’s hubris and intransigence clashing with Nature, as fate again reaps a once unimaginably tragic toll.
Given that this outbreak was said to begin in early winter when most bat species in the region are hibernating and the Chinese horseshoe bat’s habitat covers an enormous swath of the region containing scores of cities and hundreds of millions people, the fact that this Wuhan Strain of coronavirus, denoted as COVID-19, emerged in close proximity to the only BSL-4 virology lab in China, which in turn was staffed with at least two Chinese scientists – Zhengli Shi and Xing-Yi Ge – both virologists who had previously worked at an American lab which had already bio-engineered an incredibly virulent strain of bat coronavirus – the accident

Reply
Nerd has power
4/11/2020 12:55:03 pm

谢谢您提供的信息。我来分两点回答您。
第一,我当初在分析这个的时候也考虑过----他们在死亡的穿山甲身上“发现”的病毒到底是不是真的?穿山甲的ACE2确实比蝙蝠的更与人的ACE2相似,但相似度并不高。武汉冠状病毒上的这个RBD结合人体ACE2的能力毋庸置疑是超强的,而穿山甲那个冠状病毒的RBD跟武汉病毒的RBD的几乎一致,那长成这样的病毒真能感染穿山甲吗?这就是我当时的疑问。您提供的那篇论文用的计算的方法揭示这个武汉冠状病毒的RBD与穿山甲的ACE2的结合能力并不那么强。假如后续的实体实验能证实两者确实不能结合,或者说这个所谓的穿山甲冠状病毒并不能感染穿山甲的话,那就毫无疑问说明中共那两篇关于穿山甲是中间宿主的论文都是在造假,在故意混淆视听。那也就更说明中共在故意掩盖,也就更坐实了这个病毒是它制造的生物武器了。
第二,关于树鼩鼱是不是他们用来筛选,优化这个生化武器的实验动物,这点我不敢肯定。因为从您提供的文章来自看,他们当时看中的是树鼩鼱有和人体类似的的sialic acid(SA)的分布。这点对流感病毒很重要。而武汉冠状病毒用的是不同的受体,ACE2。这个树鼩鼱的ACE2是不是和人体的很像?我还不知道。假如两个ACE2不很相似的话,那么他们在筛选的时候就不会用树鼩鼱。当然,还有一种可能就是武汉冠状病毒还有除了ACE2之外的一个co-receptor,比如说SA。就是说他们可能加了双保险,使这个病毒结合力超强,那样的话,他们的也可能平行筛选了能结合SA的spike,然后最终把两种特性融合到一个spike里。这种情况下,他们有可能用过树鼩鼱。当然,我这个分析猜测的成分很大。

Reply
Thalaran D Rocks
4/12/2020 06:21:33 am

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6072924/
原文提到选用树鼩鼱培育和测试病毒的原因是因为树鼩鼱和人的亲缘关系近,各种蛋白质受体包括受体表面糖基化的结构和人的都很相似。
新冠的RBD和人体ACE2结合的地点用到了1个唾液酸残基。
https://www.nature.com/articles/s41586-020-2179-y
所以二者的ACE2应该足够近似用来做生化武器的培养和实验。

Nerd has power
4/12/2020 07:10:21 am

Thalaran D Rocks朋友,非常感谢您的提醒。确实,从您提供的这篇JTD文章来看,树鼩鼱确实是很适合做这样的实验。他们在筛选的阶段用这个树鼩鼱是绝对有可能的。

Dithionite
4/23/2020 07:40:28 am

穿山甲那个病毒,可以确定是来自伪造的了。首先,那个穿山甲病毒,代号MP789,GenBank MT084071.1,事实上是一个不完整的序列,里面有近1872个核苷酸,约1872/27989=6.69%的核苷酸都是位置的核苷酸N。可以说是根本就没有活体病毒而且无法验证真实性的一个残缺不全的序列。第二,事实上存在的有完整的核苷酸序列的GX穿山甲冠状病毒,其RBD的共识序列Consensus Sequence是
DALTGgNY__LYRLFRKSKLKPFERDISTEIYQAGSTPCNGQVGLNCYYPLERYGFHPTTGVNYQPFRV,和新冠的RBD或者RaTG13的RBD差得很大--GX系列病毒和新冠的相似度只有不到78%,和RaTG13的相似度只有不到76%。
也就是说,事实上能感染穿山甲的冠状病毒,其RBD的序列和那个MP789的序列相距甚远--这个MP789不是被污染了,就是来自伪造。
以下是SARS-COV-2MP789,RaTG13和GX系列CoV的RBD.可以自己做一下Multalin分析。
>SARS_COV_2
NNLDSKVGGNYNYLYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGSTPCNGVEGFNCYFPLQSYGFQPTNGVGYQPYRV
>MP789
NNLDSKVGGNYNYLYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGSTPCNGVEGFNCYFPLQSYGFHPTNGVGYQPYRV
>RaTG13
HIDAKEGGNFNYLYRLFRKANLKPFERDISTEIYQAGSKPCNGQTGLNCYYPLYRYGFYPTDGVGHQPYRV
>GX-P1E
DALTGGNYLYRLFRKSKLKPFERDISTEIYQAGSTPCNGQVGLNCYYPLERYGFHPTTGVNYQPFRV
>GX-P5E
DALTGDNYGYLYRLFRKSKLKPFERDISTEIYQAGSTPCNGQVGLNCYYPLERYGFHPTTGVNYQPFRV
>GX-P4L
DALTGGNYGYLYRLFRKSKLKPFERDISTEIYQAGSTPCNGQVGLNCYYPLERYGFHPTTGVNYQPFRV
>GX-P5L
DALTGGNYGYLYRLFRKSKLKPFERDISTEIYQAGSTPCNGQVGLNCYYPLERYGFHPTTGVNYQPFRV
>GX-P2V
DALTGGNYGYLYRLFRKSKLKPFERDISTEIYQAGSTPCNGQVGLNCYYPLERYGFHPTTGVNYQPFRV

Dithionite
4/23/2020 07:42:07 am

更正一下,是“未知”而不是“位置”。

Nerd has power
4/23/2020 08:32:28 am

谢谢!这个消息太棒了。事实越来越明显了。

Thalaran D Rocks
4/30/2020 02:39:26 am

刚刚做了hACE2和pACE2对新冠/MP789结合力的 homology based modeling。
结果是这个ACE2对穿山甲受体的结合能力比对人的结合能力整整差了104.894Kcal/mol=436.3548Kj/mol。新冠对人结合能力是-904.76Kj/mol,转换成对穿山甲受体结合力就只有-904.76-(-436.3548)=-468.4052Kj/mol.
连RaTG13的都不如。根本不可能感染穿山甲。
https://drive.google.com/file/d/1M8nHRNegkJaaYtDqlq-_vNMtNdxbxdZx/view?usp=drivesdk

Tharalan D Rocks
4/30/2020 03:25:12 am

更正:ACE2应为ACE2 RBD。
图片中间的结构为穿山甲受体pACE2,右边为人体受体hACE2。
Energy的单位是Kcal/mol

Tharalan D Rocks
4/30/2020 03:32:26 am

关于单位的问题。 原文中的能量单位kcal/mol,1/4大卡约为1kj/mol。Energy的单位应为KCal/mol,单位为大卡=4.2Kj/mol。

Tharalan D Rocks
4/30/2020 04:06:48 am

对不起,之前进行的Rosetta计算的单位搞错了。实际的单位Energy是“Rosetta Energy Unit”。 这个单位的运算包括了蛋白质自身的稳定性和折叠自由能,平均大小约为3-5Kcal/mol。考虑到ACE2和RBD自身的稳定性问题(蛋白质自身折叠自由能通常为蛋白质结合能的2到3倍),按保守估计该模型中Rosetta能量单位的大小约为(904.76*2)/522.53(考虑Full hACE2),最大为(904.76*2)/477.36 (考虑Chimeric ACE2),至少3.46Kcal/mol,最大3.79Kcal/mol。
实际的结合能在510.93Kcal/mol到545.28Kcal/mol之间。和RaTG13的结合力在同一量级。仍然感染不了穿山甲。

Tharalan D Rocks
4/30/2020 04:48:44 am

中位值取蛋白质本体折叠自由能~=2.5倍结合能(ACE2分子的质量很大,实际的折叠自由能远不止-2261.9Kj/mol,再加上RBD本身的折叠自由能。),这个Rosetta Energy Unit的实际单位事实上差不多有4.328Kcal/mol之多,最高4.801Kcal/mol。也就是说,这个RBD和pACE2(穿山甲ACE2受体)的结合力其实最有可能的区间是405.96到455.10Kcal/mol之间。

Nerd has power
5/2/2020 05:49:29 am

谢谢!非常棒的分析!从您的结合能的计算上来看,长成武汉冠状病毒这样的RBD很可能无法有效地结合穿山甲的ACE2,这样的病毒也就无法真正感染穿山甲,跟我们之前怀疑的基本一样。要是有实体实验就更好了,但我估计没有谁会花时间去做这样的实验。这个穿山甲是中间宿主的说法已经不被认同了,而做实验发文章来揭露这样的事又吃力不讨好。
中共的这个谎言失败了,这对它来说无所谓,它从来不会为这样的事脸红,它们想的就是去撒下一个谎,接着掩盖事实。可是,别的不说,仅仅说它们为了撒谎给这个领域仍进来的垃圾有多少?!以后是不是要把所有拿RaTG13和穿山甲冠状病毒做细致分析的科研文章都撤掉?真是造孽。

Cross Road
4/10/2020 01:46:30 pm

这个来自于NIH部分资助的研究说不太可能是人为的:https://directorsblog.nih.gov/2020/03/26/genomic-research-points-to-natural-origin-of-covid-19/

如何看?

Reply
Elannor D Allens
4/10/2020 09:38:29 pm

新冠病毒与RaTG13的S2蛋白完全相同,可是编码核苷酸序列不同的事实,无可辩驳证明新病毒是人工合成的。

https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi

我们注意到S蛋白的647-1124位置,除681-684四个氨基酸PRRA是新冠病毒中有而RaTG13中没有的,其他的477个氨基酸完全相同,可是对应的RNA核糖核酸并不完全相同,有约6%的差异,总共差了79个。

Query: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 isolate Wuhan-Hu-1, complete genome Query ID: MN908947.3 Length: 1560



>Bat coronavirus RaTG13, complete genome

Sequence ID: MN996532.1 Length: 29855

Range 1: 23357 to 24904



Score:2366 bits(1281), Expect:0.0,

Identities:1469/1560(94%), Gaps:12/1560(0%), Strand: Plus/Plus



比如ATT和ATC是不同的,可是ATT和ATC恰好都转录成I,导致蛋白质氨基酸序列片段完全一致。注意转录时,DNA的t是当作RNA的u看待的。

这样恰巧的“歪打正着”在自然界不可能存在。自然界只存在从RNA到氨基酸的转录,转录方式是唯一确定的,每一组三个核糖核酸翻译成一个氨基酸,看下图。

可是同一个氨基酸对应的一组三个核糖核酸,有不止一种的对应方式。因此生物界不存在从蛋白质倒过来转录成核糖核酸的逆翻译,这样的蛋白质到核糖核酸的逆翻译只能在人类实验室出现。

武汉病毒和正常的蝙蝠病毒以及SARS病毒 S蛋白全序列的对比关系,原文有一张图片。

橙色线标注的部分是病毒决定宿主的ACE2 RBD,位于441-511位置,病毒在其他位置的点突变既不改变病毒的感染性,也不影响病毒对宿主的选择。

我们可以看到,在这些病毒的S蛋白647-1124位置,除了681-684位置的PRRA是新冠病毒有但其它病毒没有的插入物之外,还存在69个不一样的的氨基酸。647-1124离病毒的RBD很远,如果病毒在这里发生突变,除了新冠病毒有而其他病毒没有的681-684位置的PRRA插入物之外,其对病毒的特性基本不会产生影响。因此,这是正常蛋白质中的非保守序列,在这里发生的,对病毒性质不造成影Ù

Reply
Elannor D Allens
4/10/2020 09:41:10 pm

因此,这是正常蛋白质中的非保守序列,在这里发生的,对病毒性质不造成影响的突变,可以作为病毒进化的时钟和衡量病毒是否源于自然进化的“证据室”。
正常的病毒,其核苷酸突变是随机的,如果正好碰到一个非保守的氨基酸,则会改变此处的氨基酸,并在基因组中留下与之相对应,平均每9个核苷酸突变改变一个氨基酸的变化。这就像商店的交易会留下账单,银行的交易会留下记账,计算机的文件修改会留下修改时间的记录。
在这1547个核苷酸中,存在79个核苷酸点突变,1124-647=477。而这79个核苷酸点突变全部正好发生在密码子的第三位,并且一个氨基酸都不改变的几率为0.24507383^((69/477)*79)=0.000000104974819,或1/9526094的几率。也就是说,这种反常的氨基酸序列一个都不动,核苷酸却变了79个的情况,在所有有效的可能的能造成完全相同症状引发完全相同疫情的新冠病毒中,只有不到九百万分之一的几率才有可能是来自自然变异。
在这个诡异的Covid-19中,如此巨量的核苷酸突变,居然一个氨基酸都不改变,就像把商店的账单,银行交易的记账,计算机文件的修改记录,证据室里的证物全部清理掉,抹掉,销毁掉了,虽然毁掉了人造病毒的证据,但也因此形成了这种本应存在的自然进化痕迹却没有的情况,恰恰留下了销毁证据的痕迹。

两个天然病毒,如果核糖核酸不一样,那么是极不可能纯粹因为偶然的巧合,他们翻译的蛋白质恰好完全一样。可是如果人工设计的蛋白质有一段一模一样,那么倒过来逆翻译成核糖核酸的时候,因为存在多个可能的对应方式,因此出来的核糖核酸序列和原病毒不同,就非常顺理成章了。因此,新冠病毒和RaTG13有

Nerd has power
4/11/2020 01:06:15 pm

真棒!您分析的这点我并没注意到。确实,如果在S2里所有的nucleotide的变化都在codon的第三位,从而没改变任何的S2的氨基酸,那这就是她们人工捏造了这个RaTG13的序列的极有力的证据。谢谢!

Nerd has power
4/18/2020 09:50:06 am

Elannor朋友,我把你的分析和解读翻译成了英文,放在隔壁的英文留言区了。这是应某个网友的建议,因为你的这个东西太有力度了,值得传播。我没有做直译,而是做了意译,还加了我自己的一点儿私货,希望你不要介意:)。

Nerd has power
4/11/2020 01:19:50 pm

您提到的这个博客是NIH的director写的。他的结论的主要依据是刚刚发表的Nature Medicine文章,作者是Andersen,作者中还包括中共的老朋友Lipkin。这个文章有几个槽点,我就提个最主要的吧,他们的分析是基于序列比对,而这个RaTG13的序列就是他们比对时的重中之重,是他们认为武汉冠状病毒出于自然的最主要依据。我的文章中明确的观点就是RaTG13的序列很可能是捏造的,所以任何基于这个RaTG13的序列的科研分析都是有问题的。
除了我的分析以外,下面这位朋友,Elannor D Allens,提出了其他的,比我的分析更为有力的证据,进一步说明RaTG13的序列很可能是伪造的。所以,我觉得这个博客的观点,站在认可RaTG13的序列的基础上说病毒不是人为的,其实是完全站不住脚的。

Reply
Nerd3
8/29/2020 11:20:00 am

你的文章中明确的观点是RaTG13序列是伪造的,提出几个的论据是1.RaTG13容易伪造,基因序列只要写写就出来。
2.RaTG13没有实物证明。
3.石正丽看到RaTG13就知道是震撼性的发现,一定要发表出来。
4.石正丽在新冠病毒爆发后发表这个基因序列,动机值得怀疑。

这四个论据有效性很强吗?
第一点只能说明伪造容易,但是伪造容易不等于她就要去伪造,只有自带恶意立场的假设才会把这个当成一回事,就像只有人手里有一把刀,就会说他杀人容易一样。
第二点石正丽自己采访里面说过有一份样本,很容易就能查明这个事实。国际调查组相信也有办法得到这个样本,所以实物是存在的,不存在石正丽采访里面更不敢这样说。
第三点,首先,RaTG13是震撼性的发现吗?你说的是“这个RaTG13病毒的序列是很震撼的。任何这个领域的专家只要瞥一眼它的spike蛋白的序列就会立马意识到这个病毒和SARS很像,很可能可以结合人体ACE2,所以它非常可能具有感染人的能力。”
RaTG13和Sars病毒很像,到底有多像?你的文章没有明确说明,只是说RaTG13的RBD序列和几个位置和SARS很像,石正丽自己的解释正是因为RaTG13和SARS相似度不高所以没有深入研究。为什么你不说明一下,石正丽用的相似度计算方法是什么,相较于石正丽文章发表的其他基因序列,RaTG13和SARS的总体相似度到底有多高?她的说法有没有错误

其次,石正丽看到spike蛋白序列,就知道可以结合人体的ACE2,就知道这个病毒有传染性。这个说法有什么依据吗?能仔细论证吗?

最后,这个病毒很对石正丽胃口,石正丽一定要发表出来?这完全就是强行推测什么对人的胃口什么不是,这个问题只有石正丽自己有最清楚的答案。

Nerd3
8/29/2020 11:25:02 am

你的文章其他地方有很多详尽的科学的说法,但是一个明确而重要的观点:RaTG13是伪造的,却缺乏详尽和科学的说法去支持,大多数是带着立场的猜测和假设。

这样也是完全弱化了整个文章的观点:新冠病毒是人造的。所以读者看了半天,最后发现,其实整个文章还是夹杂着立场和假设,并不是能完全让人信服的有科学依据的文章。

如果你真的想要说服人,最好能把这些带有立场的假设都删掉,实实在在科学论证每一个观点,不然懂行的人看了也不会信你的说法,不懂行的人也没有耐心看你的文章

中共说纳粹
8/29/2020 06:12:14 pm

那些说别人文章夹杂着立场和假设的自己就在不知不觉地夹杂着立场和偏见 - 尽量把恶事美化。中共只要从别国偷来点臭钱,就颐指气使,连最有权威的自然杂志都要要挟,渗透和腐蚀 - 强迫自然杂志不发表台湾论文,除非台湾作者同意著上,“中国,台湾”. 什么东西?!自然不是只讲科学不论政治的吗?什么时候也被染红了?有种的先让自然先扔掉政治,再回来对博主说三道四!

Nerd2
4/12/2020 05:33:54 pm

这么专业的中英学术论文,为什么不具名发表?香港、和台湾对这篇论文有何贡献?你的中文版是找大陆背景的人加工过的,和你回答问题的中文不太一致,请问你保持神秘的原因究竟是什么?

Reply
Nerd2
4/12/2020 05:40:25 pm

我也觉得中共是魔鬼,但很多带着“高大上”桂冠的人和组织,为了反共,而比中共还中共,不惜无辜百姓的血泪代价,设计一个“以共灭共”的计谋,是不是一样魔鬼?一样要遭报应?

Reply
Nerd has power
4/12/2020 08:25:53 pm

如果您认真看了我的文章的话,您应该知道我对于病毒由中共制造这一点坚信不疑。那以此为据,谁在不惜无辜百姓的血泪不是一清二楚吗?这一点和您对中共是魔鬼的看法是一致的,而且中共手中的血债绝不仅仅是这个病毒。假如您真的相信天道轮回的话,就让老天给您答案吧,谁是魔鬼自然会遭老天报应的。谁是魔鬼的终结者,同时给你我这样的老百姓带来尊严和幸福,老天自然会眷顾他。咱们拭目以待吧。祝您平安。

Reply
Lily Mist link
4/17/2020 08:52:43 pm

回答得好!你不用跟这批声称反共实为亲共的七毛走狗一般见识。不用多说,就看看在白宫提问的所谓凤凰卫视的和上海东方卫视的,有哪位敢承认自己是在为中共干事的?因为中共现在如过街老鼠人人喊打! 具名发表的不是被强行撤稿了吗?https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.01.30.927871v1.full.pdf 你看中共连科学领域都在世界上那么强权霸道,更别说对待自己的老百姓了。你看中共什么时候干过一件好事啦?文革?六四?香港返送中?穆斯林集中营?中共病毒?再怎么霸道,人家诺贝尔奖得主法国病毒学家就是不怕恶魔中共偏偏说:病毒为人造:
https://www.youtube.com/watch?v=EWegVNaRHbc 怎么?中共还要把这88岁高龄的病毒权威也要暗杀了?!有种的跳出来跟病毒权威回答得好!你不用跟这批声称反共实为亲共的七毛走狗一般见识。不用多说,就看看在白宫提问的所谓凤凰卫视的和上海东方卫视的,有哪位敢承认自己是在为中共干事的?因为中共现在如过街老鼠人人喊打! 具名发表的不是被强行撤稿了吗?https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.01.30.927871v1.full.pdf 你看中共连科学领域都在世界上那么强权霸道,更别说对待自己的老百姓了。你看中共什么时候干过一件好事啦?文革?六四?香港返送中?穆斯林集中营?中共病毒?再怎么霸道,人家诺贝尔奖得主法国病毒学家就是不怕恶魔中共偏偏说:病毒为人造:
https://www.youtube.com/watch?v=EWegVNaRHbc 怎么?中共还要把这88岁高龄的病毒权威也要暗杀了?!有种的跳出来跟病毒权威辩一辩嘛!

List Mist
4/17/2020 09:03:50 pm

哦,忘了, 还有那活摘器官!天灭中共!!!

Oliver
5/12/2020 04:12:32 am

“这么专业的中英学术论文,为什么不具名发表”?按照您的推理,“石正丽绝对没有理由搁置它七年”,您准备搁置几年呢?

Nerd has power
5/15/2020 04:30:41 pm

您觉得我在搁置它吗?我觉得我没有。至于我为什么不在科学杂志上发表,我在下面有过回复,您要还好奇的话,请往下找找,我就不再重复我自己了。谢谢!

kaliuser
4/12/2020 07:06:53 pm

虽然我只有高中生物水平,但是我非常认同您的研究。我在大陆做网络安全,建议博主备份您宝贵的资料和大家的评论。国内会派人来攻击您的网站,篡改数据等等....祝好人一生平安!

Reply
Nerd has power
4/12/2020 08:09:36 pm

多谢您的提醒。我已经做好了备份。这个文章其实已经传出去了,某种程度上来说网页的使命已经完成,真的被他们黑掉的话就黑掉吧。也祝您和家人平安健康!

Reply
List Mist link
4/17/2020 09:00:32 pm

不论怎么说,有一点是非常肯定的: 中共害怕啦! 不去治病救人,反倒忙不迭得潜入印度网站数据库企图要把他们的网站拉黑. 只可惜,印度的网站不归中共管辖,拉黑了两天后又重见天日了。可是,中共越是这样做越让世界觉得他们有不可告人的秘密!何必做这种下作勾当?!人家官方网站有名有姓,只管让中国驻印度大使馆让印度道歉嘛?中共既然会为了丹麦的一张漫画要丹麦道歉(结果谁认中共的帐?),怎么不敢让印度也来道个歉? 分明是做贼心虚!看看这个吧 : https://greatgameindia.com/chinese-biowarfare-agents-at-harvard-university-caught-smuggling-viruses/

Nerd has power
4/18/2020 09:56:47 am

谢谢!您说的对,抛开我们这里反复讨论的科学和逻辑证据不谈,在病毒来源这个话题上的其他的各种蹊跷和诡异其实就已经很说明问题了。

MZ1234
4/18/2020 10:36:47 pm

您好. 对法国诺奖获得者吕克先生的说法(HIV combining corona virus)的说法有何看法?多谢.

Reply
Nerd has power
4/19/2020 02:28:29 pm

谢谢您的问题。总体来说,我不敢苟同。其中一个原因就是我认为这个不可能是用来做疫苗用的。有些疫苗是用灭活的或是attenuated病毒做的,而在这个武汉病毒身上的改造明显是朝着增强它的威力方向去的,与attenuation完全是背道而驰。也许这位诺奖得主是想要给她们一个台阶下?鼓励她们先承认是实验室做的?总之,说他们可能是为了做疫苗,我认为这非常之不可能。
这位诺奖老先生和他的合作者用的数学分析的方法我并不了解,他好像也没有细说,我不能妄加评论。有些人把这个与之前印度科学家的未发表的论文相提并论,因为两者都认为有艾滋病病毒的序列被嵌入武汉冠状病毒的序列中,这个我还是持保留意见。我在前面的comments中提过,印度科学家描述的那几个被“插入”的序列并不是非常明确的指向HIV。
某种程度上来说,我甚至觉得这位诺奖得主的指控有可能会起到相反的效果。因为如果证据不充分,在造成轰动效应之后又紧接着被证伪,那中共的宣传部门一定会大肆宣扬,说“阴谋论都是无稽之谈,站不住脚”,从而降低人们对“病毒来源于实验室”这一说法的敏感度。这是他们的伎俩之一。与之相佐的一点就是这位诺奖老先生从2010年起就全职到了上海交大……… 当然,假如他们之后确实拿出了可信的证据证明确有HIV序列被插入,那我当然很高兴,因为它更加证明了病毒是被人工改造的,而我就是因为确信这一点和想让大家也知道这个真相才写这个东西的。

Reply
MZ1234
4/19/2020 07:13:50 pm

多谢回复. 你可能知道这位学者: Jame Lyons-Weiler
一开始他一直坚持这个病毒是"Lab Origin", 后来由于某篇文献(应该不是你上面说的那篇, 更早?), 也就是说他认为那些变化是可以在自然界发生了. 下面是他的information.
https://jameslyonsweiler.com/
https://jameslyonsweiler.com/2020/03/16/sars-cov-2-origins-ipak-research-exonerates-dr-shi/
我看一下可以不可以联系他一下让他去读读你的英文版。

Nerd has power
4/20/2020 05:15:53 am

我刚刚看了一眼他的这个博文,我不是很认同他的分析方法(比较不同病毒的spike蛋白之间的signature motif),当然更不认同他的结论。我试图给他文章下面留言,但不知为何没留上。下面是我写的message。如果您有办法联系上他就转发给他吧。谢谢!

Dear Dr. Lyons-Weiler, thank you for looking into this issue and trying to educate the public about it. However, by analyzing the scientific and logic evidence other than what you have described, I came to a different conclusion. I am convinced that this coronavirus is man-made. If you are interested in the details of my reasoning, please visit my article here:

https://nerdhaspower.weebly.com/blog/scientific-evidence-and-logic-behind-the-claim-that-the-wuhan-coronavirus-is-man-made#comments

In the comments made on April 14th, additional evidence is discussed, which in my opinion strengthens the claim considerably. Thank you.

MZ1234
4/20/2020 05:53:17 am

如果他的bio文章后不能留言的话, 下面是他建立的一个机构(IPAK). 网页最后可以直接给他发邮件或用左边的”Contact”链接发, 请他来你的英文版评论.

http://ipaknowledge.org

Nerd has power
4/20/2020 06:06:27 am

谢谢!我已经通过contact把邀请发过去了。

jean luc
4/20/2020 03:20:49 am

作为一个非此专业的研究人员很感慨。这样的成果为何不把干的部分投到一个专业杂志?或者耽心学术排外的话,象那几个印度人,贴在一个待发表的网站去引发有关专家的观注和批评?可以理解家人在国内。但是从科学的角度提出对这一事关千万人命的大事件的判断,事关科学工作者的良知。

Reply
jean luc
4/20/2020 04:31:06 am

您的以下判断是文章的基石:
« 祖先和后代之间序列上的差异是应该基本均匀分布的,不应该出现一个蛋白如此与众不同的局面。 »
« 从功能角度来说,spike蛋白非同小可,它是冠状病毒的“钥匙”,可以打开我们(宿主)细胞的“锁”,从而进入并侵染细胞。 »
« 显示这两个病毒是非常近的近亲。在这个前提下,出现S1蛋白一致性只有69%的现象是完全不可思议的。 »
它们都是专家一致的共识,还是还有争论?之所以提到这点是看到Montagner 出的洋相。坚称四片段爱滋独有,却被别人从至少十五种病毒中找出。

Reply
jean luc
4/20/2020 04:40:35 am

您说了让一个类SARS病毒与舟山蝙蝠病毒共存并发生精确的基因重组,几乎不可能,但两种病毒被人为地放在了一起,比如在实验室,尽管是小概率,也不是绝无可能产生自然的基因重组吧?

Reply
jean luc
4/20/2020 05:15:45 am

« 橙色线标注肽段包括了所有和ACE2结合所需要的微观结构。一个很直观的感觉就是,SARS中这个最关键的片段被“复制”了,然后“粘贴”进了舟山蝙蝠病毒中,从而制造出了武汉冠状病毒 »
但数一下红色竖杠标注的氨基酸,25个中除去十一个SARS和舟山蝙蝠完全一样不需改的还有十四个,只有八个是从SARS拷贝沾贴的吧,但还有六个是与SARS和舟山蝙蝠都不同的,有何解释?由此,14个中只沾了8个的话,“复制”的判断是否理由充足?

Reply
Nerd has power
4/20/2020 05:40:52 am

多谢您的提问。您的问题很多, 恕我不能一一详细回复。而且有些方面我在文章中和之后的评论里已经说过了,我就不再重复了。
这个不是简单的,一个字不变的复制和粘贴。我其实在文中已经说了,和ACE2结合最关键的氨基酸要么没变,要么被换成了性质类似的氨基酸。您提到的这六个就是我说的同质替换,他们是不会影响spike和ACE2之间的结合方式的。事实也证明,武汉冠状病毒的spike和ACE2,就如我所预测的那样,其结合方式和SARS的一模一样(https://www.nature.com/articles/s41586-020-2179-y)。
可以说这是一个精心设计的复制和粘贴。您想,就是抄袭论文还得改几个字呢不是?一个字不差的抄不是太明显了吗?
最后,实验室里改造不会用自然基因重组的方式,那真是等到猴年马月天荒地老都没可能。基因编辑就可以了,快速又不留痕迹。这个技术上一点儿也不难。

Reply
jean luc
4/20/2020 05:31:22 am

最后一个问题,RaTG13是否存在活体病毒是问题的关键。能否进行重复实验是公认的科学标准,不存在活体病毒就不能重复实验,顶级杂志这种关不把?由于这问题对判断是否人造事关重大,法律上或科学界或许可能强制她拿出RaTG13活体病毒,否则就撤消论文,这可能吗?

Reply
Nerd has power
4/20/2020 05:55:46 am

这个序列上传还真不是这样,它全靠科学家的自觉和良知,并没有硬性规定必须有实体病毒。顶级杂志也不把这个关。您可别把顶级杂志看得太高了,撤稿最多的就是那儿。石对外说她没有实体病毒。这点您可以自己解读。另外,可以参考Elannor D. Allens朋友的留言和分析,我认为非常说明问题。

Reply
Arthalis JT. Richard
4/23/2020 05:23:58 pm

GenBank的序列被新冠S蛋白的cDNA污染的情况还真发生过。
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/AARKFF010000048.1?report=genbank
以下是沙门氏菌全基因组测序分析发现的一个序列,后来证实是被污染了。
原来的report是这样的
FEATURES Location/Qualifiers
source 1..2786
/organism="Salmonella enterica subsp. enterica serovar
Typhimurium"
/mol_type="genomic DNA"
/submitter_seqid="SAMN14488345-rid9682573.denovo.51"
/strain="916800"
/serovar="Typhimurium"
/host="Homo sapiens"
/sub_species="enterica"
/db_xref="taxon:90371"
/country="United Kingdom: United Kingdom"
/collection_date="Mar-2020"
/collected_by="PHE"
gene <1..2534
/locus_tag="HDK75_004783"
CDS <1..2534
/locus_tag="HDK75_004783"
/inference="COORDINATES: protein
motif:HMM:NF013746.1,HMM:NF020963.1"
/note="Derived by automated computational analysis using
gene prediction method: Protein Homology."
/codon_start=3
/transl_table=11
/product="hypothetical protein"
/protein_id="EEU8328811.1"
/translation="GCVIAWNSNNLDSKVGGNYNYLYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQ
AGSTPCNGVEGFNCYFPLQSYGFQPTNGVGYQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPKKSTN
LVKNKCVNFNFNGLTGTGVLTESNKKFLPFQQFGRDIADTTDAVRDPQTLEILDITPC
SFGGVSVITPGTNTSNQVAVLYQDVNCTEVPVAIHADQLTPTWRVYSTGSNVFQTRAG
CLIGAEHVNNSYECDIPIGAGICASYQTQTNSPRRARSVASQSIIAYTMSLGAENSVA
YSNNSIAIPTNFTISVTTEILPVSMTKTSVDCTMYICGDSTECSNLLLQYGSFCTQLN
RALTGIAVEQDKNTQEVFAQVKQIYKTPPIKDFGGFNFSQILPDPSKPSKRSFIEDLL
FNKVTLADAGFIKQYGDCLGDIAARDLICAQKFNGLTVLPPLLTDEMIAQYTSALLAG
TITSGWTFGAGAALQIPFAMQMAYRFNGIGVTQNVLYENQKLIANQFNSAIGKIQDSL
SSTASALGKLQDVVNQNAQALNTLVKQLSSNFGAISSVLNDILSRLDKVEAEVQIDRL
ITGRLQSLQTYVTQQLIRAAEIRASANLAATKMSECVLGQSKRVDFCGKGYHLMSFPQ
SAPHGVVFLHVTYVPAQEKNFTTAPAICHDGKAHFPREGVFVSNGTHWFVTQRNFYEP
QIITTDNTFVSGNCDVVIGIVNNTVYDPLQPELDSFKEELDKYFKNHTSPDVDLGDIS
GINASVVNIQKEIDRLNEVAKNLNESLIDLQELGKYEQYIKWPWYIWLGFIAGLIAIV
MVTIMLCCMTSCCSCLKGCCSCGSCCKFDEDDSEPVLKGVKLHYT"
gene 2555..>2786
/locus_tag="HDK75_004784"
CDS 2555..>2786
/locus_tag="HDK75_004784"
/inference="COORDINATES: protein motif:HMM:NF022733.1"
/note="Derived by automated computational analysis using
gene prediction method: Protein Homology."
/codon_start=1
/transl_table=11
/product="hypothetical protein"
/protein_id="EEU8328812.1"
/translation="MRIFTIGTVTLKQGEIKDATPSDFVRATATIPIQASLPFGWLIV
GVALLAVFQSASKIITLKKRWQLALSKGVHFVC"

truth link
4/20/2020 12:29:22 pm

文章写得很好,英文版写得更好。可是与其他读者一样,我也有个疑问:为什么不向专业杂志投稿,至少向未经peer review 网上平台投稿?那里同行多呀。

Reply
List Mist
4/20/2020 12:33:20 pm

你看看jean luc 的评注就知道为什么了。

Reply
Nerd has power
4/20/2020 09:37:14 pm

谢谢。本来我觉得没必要回答这个问题,不过既然您和jean luc朋友都关心,我就稍微说说,希望能略微减轻各位对文章本身可信与否的疑虑。我不投专业杂志原因有几个,我只说一个比较重要的,就是我需要在分析中“担任”科学家,警探和法官的三重身份,否则不能把问题分析透。注意,这些头衔儿都是我自封的,没有哪个专业杂志能认可和接受我这样的“胡来”。科研文章基本都是要和政治切割干净的,可是这是一个生物武器啊,石正丽也不是传统意义上的,单纯的科研工作者,分析这个的时候怎么能做到不牵扯政治呢?
虽然没发到专业期刊,但发博客也颇有几个优势:可以中英文两版,方便更多的人了解;我能畅所欲言,不用顾忌评审和编辑;能和读者朋友互动交流,从而得以修改原文或更细致的解释某些疑点;关键还能引出其他高人高见,这个中文评论区出了好几个,比如Elannor D Allens。我觉得效果总体来说挺好的,我自己挺满意。
其实我很希望专业人士看到这个文章,要是能在评论区与我交流就更好了,那样有可能碰撞出更多的想法,甚至可能找到更多的证据。要是那样的场景出现的话就更是比专业杂志还厉害了,这种互动是很多专业杂志梦寐以求的,但目前没有谁真正做到的。

Reply
jean luc
4/21/2020 12:23:42 am

谢谢您的回答。作为外行, 总算明白了该文作为科学论文的短版。科研部分相当服人,但专家马上会问为啥是和舟山蝙蝠病毒比较而不是和RaTG13比较?您只好拿出作为法官的分析,而这是作为科学论文不能被接受的。天然的基因重组的可能为绝大多数专家接受。Sars在某些野生动物身上有,在岩洞里和蝙蝠病毒碰到一起,发生天然的基因重组,可能性即使太小,也不是不可能啊。但个人更认可您的法官分析.

Reply
Nerd has power
4/21/2020 10:14:30 pm

没错!

Reply
Erebus D. Issac
4/21/2020 06:29:56 am

关于那篇 “Proximal Origins of SARS-Cov-2” 的辟谣。
https://www.nature.com/articles/s41591-020-0820-9

这个论文虽然打着新冠病毒不可能人为制造的旗号,但是很不幸,它的三个证据其实全是病毒只能是在实验室中演化出来的证据。
首先,新冠病毒的三个特征:一个前所未有的RBD结构,其与SARS的RBD与ACE2的结合方式完全不同,是自然界中没有发现过的。一个PRRA插入物,为多碱基Furin剪切位点,在冠状病毒中未曾发现过。在该位点后存在O-聚糖结构,是其他冠状病毒所不具备的。
我们先说第一个特征,独一无二的RBD结构域。 原文说是马来穿山甲的,但是实际上这个马来穿山甲病毒的RBD结构域相比于新冠病毒的RBD结构域差了整整7个氨基酸,81个核苷酸,实际相似度只有86%。看下图。连当时分离出这个病毒的原作者都不相信新冠的RBD来自这里的重组,而认为它是趋同进化(convergent evolution)的产物。
原图是武汉RBD和“ 马来穿山甲病毒”RBD的核苷酸及氨基酸序列比对。链接如下
https://m.wenxuecity.com/site/blog/blogdetail/30949/202002

Reply
Erebus D. Issac
4/21/2020 06:31:52 am

这说明新冠的RBD结构域不是来自马来穿山甲,而是一种与之互相独立的,趋同进化的产物,实际的自然起源并没有被发现。
事实上,通过噬菌体展示(phage display)
https://baike.baidu.com/item/噬菌体展示/10707967
这个技术,从一个类似的(极有可能是来自2013年用表达人类ACE2受体的VERO E6细胞在蝙蝠粪中“分离”(人工选育)出来的RsSHC014病毒的RBD结构域)

https://www.nature.com/articles/nature12711)

RBD结构域,甚至是完全无关的RBD,很容易人工的演化筛选出一种对人体ACE2高度特异性结合的RBD,并用于病毒的研发。单纯用VERO E6 ACE2传代,也能演化出这样一个RBD,这样的RBD自然和马来穿山甲的RBD在进化关系上互相独立。

现在看第二个证据,新冠病毒存在其他冠状病毒中从未有过的多碱基Furin剪切位点。
这个位点,原文也承认它在自然冠状病毒中不存在,是一个全新的位点。然后原文说“病毒S1-S2结构域之间存在一系列可能的插入或删除突变,自然产生是有可能的”
但事实上,虽然S1到S2之间确实存在相当多的可变性,但这个接点的氨基酸序列长度是高度保守的。


从674位的Y到687的S,正常的冠状病毒有9个氨基酸,包括之前被说成是PRRA天然起源的RmYN02,也是一样的Y?NSPAAR?9个氨基酸,有两个是未知氨基酸(由于核酸序列数据缺失)。新冠是YQTQTNSPRRARS 13个氨基酸,在位点前面整整多出4个氨基酸。蛋白质长度变化失之毫厘,谬以千里,在野生动物体内传播的冠状病毒一旦在此处发生插入或删除突变,轻则影响病毒感染性导致突变株被正常动物的免疫系统和其他没有变化的病毒淘汰出局,重则直接破坏S蛋白的二级结构导致蛋白质变性,病毒无法正常组装,直接死亡。自然出现这个变异,而且头一次就猜中是病毒能存活下去几率ʌ

Reply
Erebus D. Issac
4/21/2020 06:33:34 am

只有不到6592.85年一次。在新冠的进化史中发生的机率只有不到1/682。
实际上,原论文关于这种新的多碱基切割位点插入的现象,提到它“只有在细胞培养物或动物中长时间传播低致病性禽流感病毒的情况下,才能产生多碱基酶切位点。”事实上,原文是“New polybasic cleavage sites have been observed only after prolonged passage of low-pathogenicity avian influenza virus in vitro or in vivo”,既“只有在实验室的体外或体内条件中长时间进行低致病性禽流感病毒的传代,才能产生新的多碱基酶切位点”。这里的 “in vitro”指的是体外培养的细胞, 而“in vivo”指的是在为满足实验条件专门培养造模的动物模型体内。一般特指实验动物。如果是实验室以外的动物,则会说“in the field” 或者 “in wild/field/collected samples”。(实验室所说的野生型是指未经基因工程或无与试验相关突变的基因型,而不是指某种动物的野生祖先。没有突变的家鸡也算“野生型”)。也就是说,就连这篇文章的原作者也承认新多碱基酶切位点的插入只能在实验室中发生。并认为若该插入位点的加入发生在实验室之外,则它只能在“一种较高种群密度、并且ACE2基因类似于人类同源蛋白的生物”中发生。事实上,人类在实验室环境之外发现多碱基酶切位点的第一个案例是在一个工厂化养鸡场里发现的H5N1禽流感病毒,

https://scholar.google.com.au/scholar?q=Role+of+Hemagglutinin+Cleavage+for+the+Pathogenicity+of+Influenza+Virus&hl=zh-CN&as_sdt=0&as_vis=1&oi=scholart#d=gs_qabs&u=%23p%3D6LTbdRmkq_kJ

Erebus D Issac
4/21/2020 06:35:12 am

同时,之后所有在实验室之外发现的此类病毒,全都是在工厂化养鸡场中分离出的禽流感病毒。并且只有是低毒力的禽流感病毒,才具备产生新的多碱基酶切位点的条件。
这就说明,允许病毒产生多碱基酶切位点所需的动物宿主种群密度,至少也要达到工厂化养鸡场那种鸡摞鸡,一个2777平方米的鸡舍平均有20000只鸡,平均每平方米7.2只鸡的水平,

https://en.m.wikipedia.org/wiki/Poultry_farming

并且宿主动物全程不能离开这种拥挤的地方从而导致高毒力病毒的引入而干扰多碱基酶切位点的形成。
野生的哺乳动物,其自然的种群数量是不可能长期维持在超过每平方米5只及以上的,长期维持这种高密度的养鸡场需要人为的大量运入饲料,靠机器自动喂食,才能喂饱这些密度高的不正常的鸡。而只能自行觅食的野生动物,一旦超过最多每平方米5只的极限,就会把当地的食物吃个精光,没等病毒进化就自行饿死了。特种养殖的养殖密度,平均最多也不会超过每平米4只,总量不超过10000只的数量,比起产生多碱基酶切位点的最小种群密度还差得远。
因此,这个多碱基酶切位点,只能是在实验室体外培养,或在鸡胚中体内培养并密集传代的产物。前者是保藏病毒所必须的,而后者是培育疫苗的标准方法。

最后,新冠病毒在PRRA位点前后的两个S和一个T上存在O-聚糖。这个聚糖,原作者宣称需要靠免疫系统的参与,但事实上,减毒活疫苗的制备过程中,通过在鸡胚中传代培养,在大多数用作疫苗的毒株中都存在O-聚糖,它是低毒力病毒和未发育完全的免疫系统之间相互作用的产物,在疫苗的制备中(尤其是流感疫苗的制备中)扮演着关键的作用。

https://www.mcponline.org/content/mcprot/early/2019/10/

Erebus D. Issac
4/21/2020 06:36:36 am

这种条件绝不是向原作者所说的那样,不可能在实验室中产生。

https://www.researchgate.net/publication/303122165_Biosynthesis_of_Conjugate_Vaccines_Using_an_O-Linked_Glycosylation_System

实际上,已经有通过人工插入氨基酸序列在病毒表面蛋白上添加O-聚糖的工程系统,其目的就是为了复制出减毒病毒毒株表面蛋白质上的O-聚糖结构,从而制备出有用的“融合疫苗”。
而且,根据最新的冷冻电镜结构分析,Covid-19 S蛋白的这个预测的O-聚糖位点事实上是没有被糖基化的,病毒S蛋白上只发现了N-聚糖。也就是说,这个原作者所说的关键证据,事实上并不存在。


https://www.pnas.org/content/pnas/105/50/19944.full.pdf

最后,虽然论文作者认定病毒“不是人工制造”,但它也承认要想从动物病毒进化到新冠病毒,“病毒必须在人群中隐秘传播相当长的时间”,才能演化成现在的新冠病毒。原作者没有说需要多长时间,但有一篇和原作者持相同论点的论文

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.02.10.942748v1.full.pdf

给出了一个时间点,既假设的动物源病毒必须至少在2009年就已经在人群中隐秘传播,才能解释RBD针对人类ACE2受体的高度特化。不幸的是,具有人传人能力的类SARS冠状病毒,比如MERS,无一不是在人体中产生严重呼吸综合症这种症状,或者如同猪流行性腹泻病毒PEDV在猪体内引发流行性的腹泻症状。
这样的有症状局域流行,假如它至少在2009年就已经开始,不可能直到2019年11月的时候才被发现。根据一名科学家的统计数据,隐秘人传人最早不可能早于2019年8月。


http://virological.org/t/clock-and-tmrca-based-on-27-genomes/347

以及另一位科学家根据流感季数据分析得出的结论

且新冠病毒共同祖先出现时间距离现在相当近,在2019年后半年。比满足对人特化至少需要的最早2009年少了了整整94%的演化时间,这么短的时间,靠自然演化是不可能特化成Ĩ

Erebus D. Issac
4/21/2020 06:37:54 am

现在这个序列的。
要让病毒很早以前在人体细胞中传播去接触人类的ACE2受体进行演化,而又不在人群中形成可以被发现的局域流行病症,可能的地点只有一个:在实验室中用于病毒分离和保藏传代的培养细胞。更确切地说,是表达人类ACE2受体的VERO E6细胞,此前曾用于在蝙蝠粪便中分离(选育)出带有在后来实验室中做冠状病毒Pseudotyping的人类ACE2 RBD结构域的RsSHC014。

https://www.nature.com/articles/nature12711)

后者则被Ralph Baric和石正丽用于合成出能感染人且疫苗无效的,极富争议的SHC014重组病毒。

https://www.nature.com/articles/nm.3985


https://www.google.com/amp/s/www.the-scientist.com/news-opinion/lab-made-coronavirus-triggers-debate-34502/amp

假设新冠病毒未经基因工程改造,则其几乎是唯一可能的演化路线:首先,在2013年左右,石正丽等人利用表达人类ACE2受的VERO E6细胞,以蝙蝠粪便为原料选育出了一系列可以结合并感染人类ACE2受体的冠状病毒,新冠的ACE2 RBD在这段时间里演化出来。
然后,在2013-2015年的这段时间里,保藏在实验室中的这些以人类ACE2为目标的冠状病毒,由于在无免疫系统的人体细胞培养物中长期传代,发生毒力衰减,并产生了只有实验室密集传代或养鸡场密集传代才能产生的多碱基酶切位点。原始的位点可能不是PRRA。

Erebus D. Issac
4/21/2020 06:39:13 am

最后,在2014-2018年的某个时刻,这些被保藏的病毒被取出,并被用于减毒疫苗的研发培育,在鸡胚中密集传代并与鸡的免疫系统相互作用(可能用转入人类ACE2受体的动物进行过试验),产生了O-聚糖结构。冠状病毒的疫苗研发,传代到这种情况的时候,有一定的几率产生传染性和毒力都极高的超级毒株,并曾直接导致过2012年SARS疫苗的研发失败。

https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0035421

不幸的是,这次的传代培养,产生的正好是这种感染性和毒力极强的超级毒株。
发现该毒株具有作为生物武器的潜在条件,军方介入研发,公开平台上的相关研究中止,病毒在曾参与疫苗研发的中国及美国军方实验室中进行秘密研发,动物试验,进一步的选育等活动,最终产生了Covid-19的最近共同祖先,并发生泄漏(或被恐怖组织盗走释放),导致了这次的新冠病毒爆发。

Nerd has power
4/22/2020 08:04:03 pm

谢谢您如此细致的分析和解读,肯定花了很多时间和心血。对于这篇Andersen的Nature Medicine文章,我和您看法一致,它漏洞很多,结论也完全是错的。我在上面的comment里也说了我的看法,就不再复述了。这个文章必将是他和他的co-author们(包括 Lipkin)的人生和事业的污点。

Elanner P Asinkenski
4/21/2020 06:51:06 am

https://drive.google.com/file/d/1GYOXy_wticiQQkBNb2bHGki2ik7Omk-8
关于RmYN02的问题,以及病毒PRRA插入物的起源分析。

Reply
Elanner P Asinkenski
4/21/2020 06:55:14 am

关于新冠病毒RBD的起源,以及VERO E6细胞在人工优化制备这个RBD的过程中起到的作用。
病毒ADE效应的一个可能原因
https://drive.google.com/file/d/14wIhTn23LikCbGbKpr4dc21om0S70CR4

Reply
Nerd has power
4/22/2020 07:59:30 pm

您好!我猜您就是原来的那位Elannor朋友,非常感谢你的留言。不过这两个链接都有权限设置,我两个都没能看到。

Reply
Elanner P Asinkenski
4/29/2020 12:03:09 am

谢谢你的提醒。这篇文章我已经做成PDF了。应该能看完全了。
https://drive.google.com/file/d/11LYOruc4rrBuvmCYxLJQ0EAL5fk-Vt6I/view?usp=drivesdk

Reply
Nerd has power
5/13/2020 04:15:40 am

不好意思,一直没发现您的这个更新。写的非常好!这方面我并不熟悉,从里面学了很多东西。谢谢你的细致工作和分享。希望更多的人能看见这个观点。

jean luc
4/22/2020 01:59:50 am

在网上搜到一段
南方周末:武汉病毒所在发现BatCoV RaTG13近七年内,不对外公布其相关资料,特别是不公布相应蛋白序列与模型的选择,这种做法是病毒学研究的常规操作吗?还是说,有着不合理的地方?
彼得·达萨克:通过快速生成短序列,我们已经在中国的蝙蝠体内发现了五百多种新的病毒。测序整个基因组需要做更多的工作,需要资金和时间来完成。然后分析序列,接着发表论文。我们不可能马上做所有的工作,因为资金会用完,所以我们首先关注与SARS最密切相关的工作。
我想当这个新型冠状病毒被发现时,武汉病毒学研究所研究了所有蝙蝠的短序列,发现RaTG13看起来很相似,所以对整个基因组进行了排序,然后对此进行发表。这完全是合理、明智的。

Reply
Nerd has power
4/22/2020 08:22:09 pm

你觉得500个病毒样品算很多吗?我其实不觉得。关键是通过他们得到的短序列的信息,他们可以筛选出值得深究的病毒来测全序列。这样一来好样品的数量其实是非常有限的。以他们的人力物力和财力,这个样品量其实是太小了,而且他们是可以平行测试这些样品的,那样进度可以很快。更重要的一点,他们标榜的研究目的就是收集和分析野外采集的病毒标本,从而做到提前发现可以cross over到人类的病毒,他们拿的很多经费就是给他们做这个工作的。假如这些含可疑序列并值得深究的样品真的只是放在那儿而不做分析的话,他们这个行为其实是合同违约,与funding机构的合同违约,同时也和他们标榜的实验目的严重不符。
另外,假如你读一读石正丽2013年的Nature和2017年的Plos Pathogen文章的话(你能读懂我的文章,你就也能读懂石的),你会发现序列长成RaTG13这样的,还有更多其实长得不如RaTG13的病毒都被石正丽当成宝贝了。这个同样是在2013年发现的,有着如此震撼的序列的RaTG13这么就唯独被搁置了呢?
还有重要的一点, 请你回上面看看Elannor D Allens对RaTG13序列和武汉冠状病毒序列的分析。那个分析非常有说服力,在我看来是他们捏造RaTG13序列的强力证据。看看把这些都加在一起之后,石正丽和Peter Daszak关于RaTG13的解释还有没有说服力呢?

Reply
Jean Luc
4/23/2020 12:43:18 am

谢谢回答。上一留言的最后一段是这个美国出资方代表说的,不是我的。看来美方也有利益对RaTG13捂盖。所以从法官角度是会败诉的。
感觉从科研角度来一篇对RaTG13序列和武汉冠状病毒序列的分析有门。您文章上半部的相当部分可用,与Elannor D Allens合作,再加上他的的贡献,投到一个接收待发表的working papers的网站,是会引起很大反响的。我在法国,这里都关心Didier Raoult 关于用奎宁的争论。他两天前有段话让我大为赞叹。他说他们的第一篇,就是二三十病人的样本,被川普点赞,却被法国学术界骂得狗血淋头的文章,虽然上不了有挡次的杂志,却被下载了60万次,相当于一个报纸一年的发行量,影响远高于一篇nature。都是他的话. 他总结说法国再不是密特朗以前只有一家电视台几张报纸的时代了。作为对您的勉励。您这一辈子哪怕只做了这一件事也值了。

Reply
Nerd has power
4/23/2020 08:48:56 am

多谢您的建议。我还确实有把RaTG13单独拿出来,综合我自己的和Elannor朋友的分析之后,做进一步的揭露。这是和一位朋友商量后的结果。目前还没有在专业杂志发表的想法,但应该会去另一个平台,在那儿可能会reach一些其他的潜在读者。
您不用担心这个事实不会大白于天下。过段时间应该会有比我的这个博客更实锤的证据的出现,会比在专业杂志发表的文章更有力。现在我们还是需要做我们能做的,然后拭目以待就行了。

Reply
Jean Luc
4/23/2020 02:26:18 am

哦,逻辑上应是 RaTG13序列和Bat_CoV_ZC45,Bat_CoV_ZXC21的比较,参照武汉冠状病毒序列,证明RaTG13序列的人造痕迹。

Reply
Nerd has power
4/23/2020 08:25:23 am

这是之前MZ1234朋友的留言,因为要保密这位教授朋友的名字,原来的留言删掉了,我把隐去他名字的原文再贴上来:

“Nerd兄, 我给很多大牌业界学者发了邮件. 请他们去读你的英文版, 然后最好comment section留言. 一个给我回了, 下面:
- -
It actually makes some serious claims of fraud and worst, the author has not identified themselves so hard to take seriously really. Besides it doesn't address the issue of the ratio of synonymous verse non-synonymous mutations which is a clear indicator of natural selection. Besides, the fact that viruses are “95% identical” is no surprise nor strange at all. We share 99% of our DNA with chimpanzees after all. This is in fact a long way away in terms of virus similarity.”

Reply
Nerd has power
4/23/2020 08:29:48 am

首先很感谢您的认真,把这个文章发到其他专家那里。任何事情毫无疑问都是会越辩越明的,所以您的努力绝对是有益的。
另外也得肯定一下这位教授,他能够真的来这看看并给你回复,其实很难得,因为他们都很忙,经常不理这样的问询。
好,下面我来回复里面的质疑。
第一,这位教授说由于我没有显示我是谁,所以很难严肃对待我的这些claim。其实我可以负责任的说,假如我说了我是谁,他一定.........也严肃不起来:)。所以,这句话他还是真说对了。不过他的这个出发点是不对的。其实更应该看证据和逻辑本身,其他的并没那么重要。
第二,他说95%的一致性没有任何可疑的地方。他这一说法本身也没有大毛病。但问题是我在文中说的不是95%这个一致性可疑,我说的是当其他部位都95%一致时,只有S1蛋白一致性下降至69%这一点可疑。或者说是这个一致性的极不均匀分布非常可疑。另外,确实大猩猩和人的基因是98%一致的。但病毒不一样啊,病毒就是以快速变异见长的。假如病毒间95%的一致性没有价值的话,那怎么会有那么多人以一个97%一致性的RaTG13为根据,到处发文章证明武汉冠状病毒来自天然呢?那可都是顶级文章啊。我觉得那些文章的作者和评审在专业方面都不会低于这位教授。再另外,假如你在做一个生物武器,你会让你的最终产品和你的发表过的模版在基因组的绝大多数地方长得100%一样吗?那样的话我们还用得着这么麻烦吗?所以我觉得这位教授的这个comment反而显示他可能并没有认真地跟着文章中的证据和逻辑来走,可能有些先入为主了。
第三,教授提到的synonymous verse non-synonymous mutations确实是一个亮点。他说的对,我在文

Reply
Nerd has power
4/23/2020 08:35:16 am

第三,教授提到的synonymous verse non-synonymous mutations确实是一个亮点。他说的对,我在文章中的确没有对这个进行分析。这也证明了他确实有专业能力,当然也证明了我不是这方面的专家。但留言区里的Elannor D Allens注意到了这一点并做了很好的分析。您可以在前面的留言里找到。通过比较武汉冠状病毒S2的序列和RaTG13病毒S2的序列,我们可以发现在几乎整个S2上有79个碱基突变,神奇的是,这么多碱基突变却没有导致哪怕一个氨基酸的变化。也就是所有的79个碱基突变全是synonymous mutations,没有一个non-synonymous mutations。这其实是人为操作的极有力的证据。我在隔壁的英文留言区把Elannor的东西翻译成了英文,是4月16日贴上去的。希望您能过去把那一段找到并发给这位教授,看看他对这个有什么看法。最好是他能到这里的英文版留言,直接和大家交流,我觉得那样能刺激他拿出绝活儿来:)

Elanner P Asinkenski
4/23/2020 08:35:30 am

谢谢您的提醒,我已经把链接的权限改过了。
请查收。
https://drive.google.com/file/d/14wIhTn23LikCbGbKpr4dc21om0S70CR4/view?usp=drivesdk
https://drive.google.com/file/d/1GYOXy_wticiQQkBNb2bHGki2ik7Omk-8/view?usp=drivesdk
还有这篇论文,望您能参与一下修订。一起刊发。
https://drive.google.com/file/d/1Ps0ZTqfq63yAxjo3imZ1USlXsXqnCbXF/view?usp=drivesdk
https://drive.google.com/file/d/1CXYy5q1VeowrraKNXcVOeozM1mDObFKl/view?usp=drivesdk

Reply
Nerd has power
4/23/2020 05:16:40 pm

现在能看了!多谢。不过我这两天稍有些忙,周末的时候会好好读一下您的东西。

Reply
Nerd has power
4/26/2020 07:16:41 pm

Elanner朋友, 您的东西我读了,我觉得写得非常好,是花了很多心血的作品。第一个文件好像有些damage,我只看到了一部分,不过我大概知道了里面的内容。后面的您说请我校对的文章,分析的广度和深度都超过了我这篇文章,非常棒。因为文章中的专业分析其实很多超出了我的知识面和阅读的范围,所以我谈不上校对,就给你提一个建议吧。那篇剑桥的文章我觉得质量不高,分析的样品数量太少,而且是以与RaTG13序列相比较而得出的结论。而你的文章后面又提出了对RaTG13的强烈质疑,所以我觉得两者间有些自相矛盾。我建议删除基于这篇剑桥的文章的讨论,可以直接去讨论病毒是否来源于动物的传播。
我觉得您的文章假如是像我这个一样发在博客上的话,那已经完全可以了。专业杂志当然另当别论, 但我估计您不是冲那儿去的:)。其实这些证据放一起看的话,其结论是很明确的。但你发表之后肯定也会有对文章中的某些知识点进行质疑的,这个避免不了。但问题的关键是并不需要所有的分析都靠谱才能支持最后这个结论,只要有一点是确凿的就完全够了,所以您就勇敢的发吧。不用一起刊发了,我们只是在互动中互相启发了一下对方而已:)

Reply
Tharalan D Rocks
4/28/2020 08:41:36 pm

关于这个PRRA插入物,我也有一个疑点。假如自然的病毒要形成一个RxxR的furin酶切位点,那么它到底需要这样大费周章画蛇添足的去插入整整4个氨基酸来实现这个位点吗?这个插入物是一次插入12个核苷酸形成的,两侧核苷酸相比RaTG13没有大的变化。可是在S1-S2具有同源性的Lineage B的beta冠状病毒,这个位点的序列长度高度保守且从未发现任何的多碱基酶切位点。病毒在自然状态下是不可能找到有效的,同序列的重组源头,在不改变蛋白质长度奇偶性(对于beta sheet而言奇偶性的改变会导致后面的蛋白质被扭转180度,让整个S蛋白的三级结构崩溃从而直接杀死病毒)的情况下是没有办法同时既精准的获得前三个PAA又同时在中间插入三个核苷酸R的。
而且,如果是自然的病毒,要想获得这个RxxR的多碱基酶切位点,它只要把674-681之间QTQTNSRS中的T677替换成R就行了,只需要一个点突变把ACA或ACG第二位的C换成G,像MERS那样的单核苷酸替换就可以形成。没有必要舍近求远去进行这么一个超高难度,即使是世界上所有的病毒都是这两种所谓的源头beta冠状病毒也需要至少6592年以上的氨基酸重组替换+三核苷酸同时插入的“突变”。相反的,人造的冠状病毒多碱基酶切位点,一般都是通过分子克隆的方式直接插入的。比如下面这篇2019年北京的论文
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6832359/
在鸡的冠状病毒S1-S2之间人工插入了两个Furin酶切位点,从而使得病毒能够攻击神经细胞。

Nerd has power
4/29/2020 05:25:45 am

完全同意。这种插入既违背了beta类冠状病毒的在这个位置上本来很保守的序列长度,而且没有迹象表明自然界有这样的源头序列可以被它用来重组。说它来自于自然的基因重组的可能性基本没有是准确的。但维护病毒来源于自然这一说法的人总会说,这个可能性只要有哪怕亿万分之一,那就也是可能的。你也不能说他错。这个自然基因重组就是他们的护身符。
坦诚地说,我认为这就是clone进去的。这么短的序列插入用QuikChange mutagenesis kit就可以了,完全不留痕迹。之后做没做优化?我不知道,但我觉得有可能(或者是针对Spike蛋白的优化,或者是针对全病毒的animal passage,或者都做了),但也不一定(E蛋白上,舟山蝙蝠病毒和最初的武汉冠状病毒100%一致,但新被测序的武汉冠状病毒里有的的E蛋白已经在变异了。做过全病毒的细致的animal passage的话,E可能已经变化了)。
不过,你有时间的话可以去看一看这四个氨基酸所对应的codon,要看早期的序列,因为现在都可能变了。和Arginine对应的codon usage里似乎有鬼,不像是病毒里常用的。

jean luc
4/27/2020 04:58:20 am

1+1>2
科研上孤军奋战太难成就了.

Reply
Nerd has power
4/28/2020 08:59:20 am

其实我不这么看。大家各有自己的专长,分析的时候只要专注于自己确定的,明确的证据就可以了。最后一定是百家齐放,所有证据从各个方面汇聚到一起,就完全确定了。这过程中,指望一个人把所有证据都汇聚,都分析到位是不可能的。所以我觉得每个人自己来就可以了。
另外,这种博客里的东西大家互相引用更方便,我的观点别人可以借鉴,甚至直接拿去,都没问题。我也是受了别人的启发的。在正式的科研文章里有署名与否的问题,在博客世界,尤其在这个问题上,我觉得不需要这样。

Reply
kaliuser
4/27/2020 07:41:27 pm

大家加油!我虽然是外行人,但是经常过来看看评论,相信真相一定会在全球范围内被认同的,虽然墙内人可能看不到,也不愿意相信。人在做,天在看,祝好人一生平安!

Reply
Nerd has power
4/28/2020 09:00:26 am

谢谢您!一定会真相大白的。也祝您平安健康!

Reply
Nix
4/28/2020 02:15:22 am

https://osf.io/wy89d/
这篇preprint也提出RaTG13的疑点,还有就是指出这个RaTG13病毒没有除武毒所之外的独立测序,没有可供独立测序的样本,因而不能确定其真实性。
https://zenodo.org/record/3766463#.XqfpkSV6uEe
在ORF1ab蛋白中发现两个新的类HIV插入物,以及在牛乳头瘤病毒(DNA病毒,常出现在牛血中并污染培养细胞用的胎牛血清)中发现几乎一模一样的QTNNSPRRA
furin酶切位点。观点是P2实验室使用蝙蝠源冠状病毒S蛋白质粒合成基于HIV载体的假病毒时,质粒提纯制备过程纯化不完全被活体病毒污染,与HIV质粒共转染人源HEK细胞,再被受污染的胎牛血清感染牛乳头瘤病毒,导致HIV质粒,蝙蝠冠状病毒和牛乳头瘤病毒mRNA齐聚一堂,发生重组的同时被HEK细胞正选择产生出针对人体ACE2受体高度特化的RBD。原文的说法是只要一次实验,48小时,就可以产生一个具有新冠病毒全部特征,同时专一性感染人的病毒。
https://medium.com/@yurideigin/lab-made-cov2-genealogy-through-the-lens-of-gain-of-function-research-f96dd7413748
其它内容不出彩,但是这篇文章在S1的RBD两侧和S1-S2 junction的两侧均有发现RaTG13和MP789都不具备的新限制酶位点。还有就是RaTG13和新冠的Codon Preference在冠状病毒中独一无二,其中编码精氨酸R的密码子AAA和AAG的比值0.73/0.27和大肠杆菌的一模一样,而和其他Ra系蝙蝠冠状病毒相距甚远。有可能是为了在大肠杆菌中表达病毒蛋白质用以分析,对载体质粒做的基因优化。

Reply
Nerd has power
4/28/2020 09:09:08 am

非常感谢您的分享!我现在略有些忙,还没看。不过restriction enzyme位点我也看过,确实有,尤其是RBD两端。我曾经想过要不要写一写,但没动笔。Codon usage很重要,值得好好研究。我自己没想到这一点,但我真的不奇怪里面有线索,我会去看看原文。

Reply
Nerd has power
5/3/2020 04:53:31 am

这个zenodo.org的文章我觉得不是非常扎实,也不太让人信服,我就不多评论了。
这位Yuri Deigin先生的东西写的非常好。文章很长,但做的分析非常详细。他明显非常仔细的研究了这些年,这几个人的论文。我读了这后也学了很多原来不知道的细节和插曲。密码子这个发现很有意思,不能说实锤,但跟病毒来源于实验室这一说法明显是一致的。他找到的限制酶切点和我看到的不太一致。他的图也有点儿小,看不太清。这点还可以深究(也可能不需要了,因为实锤证据可能就要出来了:)。总之这个文章我觉得非常好,唯一不足之处,在我看来,就是没把政治(中共的邪恶程度)充分地factor进去。中共不但敢做这样的生物武器,而且敢动用各种资源,比如用掺假的科研文章(RaTG13, Pangolin coronvirus, Andersen and Lipkin's Nature Medicine paper, etc),来混淆视听。

Reply
Nerd has power
5/3/2020 12:58:15 pm

以前来过的朋友们可能注意到了,我加了两个新页面。新加的是我刚刚在文贵先生创造的平台GNEWS发表的文章,是之前文章的加强版。新加的内容里最重要的就是受这里的朋友启发之后分析的同义/非同义变异的情况和E蛋白的变异情况。这分别是由Elannor D. Allens和John F. Signus两位朋友最先提出和详细分析的,对此我在文章的最后做了致谢。

Reply
Jean Luc
5/4/2020 01:06:43 am

刚看到您的新作,非常高兴您的科研在进展。
一个问题。要是从世卫到世界个国都一致要求中国把RATG13的原样本拿出来亮相,中国有没有从专业上站得住的理由脱身?比如说该病毒的存活时间是有限的?
一个建议,立足科研,尽可能少的政治化。因为不用政治您是理直气壮。别搅进了G那塘政治昏水。

Reply
Jean Luc
5/4/2020 03:33:22 am

千万留心自己的个人信息

Reply
Nerd has power
5/4/2020 05:48:36 am

多谢您的提醒,我会注意个人信息安全的。您上面的问题说各国要求检查的话,武汉实验室怎么脱身,说实话,我觉得他们无法脱身。

Reply
外行人
5/4/2020 03:03:41 pm

我是外行。但是觉得这些讨论的说服力很强。对于那么多的所谓的科技大腕都有可能掺入,真觉得很吃惊。 我有一点不太清楚,为什么要以舟山病毒作为模版呢?是一个随机选择吗?

Reply
中共病毒
5/4/2020 11:52:00 pm

我也是外行。你不妨看看 https://www.youtube.com/watch?v=e2TTH_3CvD0 太人造啦!打倒纳粹中共!

Reply
Nerd has power
5/5/2020 04:07:21 am

大卫的节目我也看了,解读的很好。这么生僻的内容其实有点儿难为大卫,但一样给拿下了:)

Nerd has power
5/5/2020 04:03:52 am

谢谢!您的问题可以从另一个角度看:为什么中共的实验室这么热衷于到处寻找动物的冠状病毒呢?从现在的事实来看,是不是把这样的病毒拿来做生物武器的嫌疑比较大呢?舟山蝙蝠病毒作为他们手中的选择之一,最后被拿来用做模版,这其实是顺理成章的。
另外,假如是中共的军事P4实验室动手做的,而只是用了石正丽的技术,那他们用的模版从哪来更隐蔽呢?当然是军队内部的最容易沟通,也最容易保密了。我猜这也是舟山蝙蝠病毒被选中的原因,因为它们是由军事医学实验室发现的。真正用来做模版的有可能是同样在舟山发现的,与ZC45和ZXC21同一族的病毒,有可能并没有发表。

Reply
Sangerventer
5/5/2020 04:46:13 am

她说ratg13 长的像 这个结论是要有依据的 一开始的依据不是全测序 她说觉得rdrp短序列长得像然后测了ratg全序列 我只是单讲文章的逻辑 如果找到很像的 一定还有不像的 可能还有更像的 这些初始的逻辑依据没有在文章里体现 其他蝙蝠病毒的rdrp短序列,尤其是石自己收集的 还没有发表的ratg的比对结果很重要 石教授手里这个多了去了 如果有更像的而她选择不发表 那我们认识真相的路可就曲折了 短序列相似性对于石而言也许显而易见 但是作为科学发现 如果不给出证明过程 那只能说要么是石撞大运 要么是这个ratg13命不好被冒认了犯罪嫌疑人

Reply
Nerd has power
5/5/2020 05:42:51 am

石的实验室发现病毒的流程一般是先看有没有RdRP的短序列,因为这个比较保守,不容易错过。确认之后他们会马上看RBD。一个2013年发现的病毒(注意当时她手里还没那么多病毒呢),怎么看了一眼有RdRP就放那儿不管了?费那么大劲,花那么多钱,马上要收获了,怎么会突然放手呢?而且,既然放过了这个,怎么又花了那么多心血去收集更多的病毒,哪怕长得不如RaTG13,还往Plos Pathogen, Journal of Virology这样的顶级杂志上发表呢?更别说她在其他杂志发表的其他的蝙蝠病毒了。
另外,假如您看了spike同义变异和非同义变异的分析的话,很明显RaTG13的序列是伪造的。它被认为是“嫌疑人”绝对不是命不好,那是有实证的。

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sangerventer
5/5/2020 06:09:11 am

她的nature文章的逻辑是 首先获取了covid19全序列,然后全基因组与已知ncbi中的病毒全序列比对,发现最接近的就是那几个浙江蝙蝠。这时候要扯到ratg13上来就很不自然了,怎么办呢 他在正文第四段第一句引出了rdrp 相似性的线索,令人遗憾的是,他并没有展示相关的数据,而是直接就拼出一个ratg13 来,发现它真的比浙江蝙蝠还接近!如此重大的线索不给大家展示数据交流交流,令文章的可信度大打折扣。
我看了你spike序列的观点,基本认同,另外觉得需要再讨论一下同义/非同义突变的比例在定向选择压力下的变化。
假的就是假的,一定有破绽,一定有不止一个破绽。我上面的留言是两个多月前看她文章的感想,工作繁忙无暇深究,感谢你的分享!

Nerd has power
5/5/2020 06:46:41 am

多谢您的分析。我第一眼看她的nature文章也和您有一样的想法,她太一笔带过了。也非常同意,假的一定有破绽,肯定还能找到更多。
有定向选择的话确实会影响那个比例,但对S2来讲,这点可能不是很重要。无论有或没有定向选择,平行比较不同病毒(自然组 vs. 怀疑组)的同一个蛋白,尤其是S2这样的蛋白,我觉得是合适的。

kaliuser
5/5/2020 05:58:34 pm

现在甩锅已经进入白热化,中共5月2日派人暗杀宾州大学liu bing教授,其对冠状病毒研究已经接近真相。楼主要做好预防措施,如果您在国外尽量购买.45的手枪和雷明登霰弹枪自卫,您是人类正义和自由的希望,好人一生平安!

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mz1234
5/5/2020 06:37:06 pm

https://www.post-gazette.com/news/crime-courts/2020/05/04/ross-township-murder-suicide-bing-liu-police-elm-court/stories/202005040082 - 我正想提这件事. 无论到底是什么原因, 博主注意安全, 并加油!!!

Reply
打倒纳粹中共
5/5/2020 08:51:59 pm

一月死了病毒专家,五月又死了刘兵。 怕是中共狗急跳墙。 打倒纳粹中共!!! 一月死的病毒专家和最近捷克斯洛伐克高官死因一摸一样:心肌埂塞。 刘兵太年轻,没法心肌埂塞,只能开枪。所以一定要注意安全。相信正义最终会战胜邪恶!

Nerd has power
5/6/2020 12:55:50 pm

谢谢大家关心。我觉得没有那么夸张。就像Jean luc说的,我们只是挖出了几个常识性的事实而已。是他们自己露馅儿了。事实出来了就是出来了,就是把人怎么样了,这个事实也埋不回去了,所以他们不至于要这么干。马上后面要出来实锤爆料的科学家才是他们处心积虑要对付的,他们才真是危险,真需要小心。
Liu Bing教授的事很不幸,但谋杀好像和他的科研并没有什么关系,只是他恰巧在做新冠病毒这方面的研究,好像也不是研究它从哪儿起源的。大家还是先别把这两件事往一起连了。

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外行人
5/5/2020 07:42:55 pm

谢谢回复。我看了评论中说到这个病毒有可能是制作疫苗过程中出现的意外收获。这个可能性有多大?是否能查证?

Reply
Nerd has power
5/6/2020 12:59:52 pm

我不太认同这个说法。减毒的病毒可能用做疫苗,可是从我们看到的线索来看,这里的改造都是朝着相反的方向去的,所以我认为这不可能是做疫苗时的副产品。

Reply
jean luc
5/6/2020 03:52:27 am

没那莫严重。好好正常生活。您不过是凭良知指出了一个并不要高深的科研就能看到的事实。内鬼更难防

Reply
Nerd has power
5/6/2020 01:02:58 pm

没错!这是有生物背景的人都能看出来的,大多数人只是没去深究而已。

Reply
外行人
5/7/2020 08:09:20 pm

如果是这样,还有那么多的专家为中共洗地。。。真是细思极恐。他们就是无限放大一点点的自然产生的可能性,哪怕是百万分之一的可能。

D
5/8/2020 04:48:47 am

第四军医大学的徐德忠教授很早就出版了多篇文章和一本专著《非典非自然起源和人制人新种病毒基因武器》,应该是专业的角度,希望您能参考。

https://gnews.org/zh-hans/86453/
https://gnews.org/zh-hans/101007/

Reply
Nerd has power
5/10/2020 08:33:46 pm

谢谢!

Reply
Jean Luc
5/9/2020 02:02:20 am

« 当自然进化以随机变异的方式进行时,同义突变与非同义突变的比例大概是5:1 。 » 这一规律到底有多铁?有没有不同看法也得到相当认可?
如果这一规律铁定如山,为何不分别用SARS-COV-2和 RATG13去和舟山病毒序列比,来判定前两个是否自然?进一步也可用这法判定石发现的那些病毒是否来自自然。

Reply
Nerd has power
5/10/2020 08:33:17 pm

问题问的很好。5:1铁不铁?在正常情况下是5:1,但假如有定向选择,那这个比例会偏离5:1。但这里最主要的一点是,我们比较的是同一个病毒蛋白 -- spike,而且我们是拿自然组(舟山蝙蝠病毒)和可疑组(武汉冠状病毒和RaTG13)。假如自然组是3:1,那我们就去和3:1去比,假如自然组给出的是10:1,那我们就和10:1比。自然组的比例就是这个蛋白的正常样子,和它比起来太离谱的,比如这里的44:1,就说明这里有严重的问题。
你说的拿SARS-CoV-2或者RaTG13去和舟山蝙蝠病毒比,这确实是符合逻辑的。我简单的看过,也不太正常。这个怎么解读,我觉得你自己琢磨一下吧。

Reply
FIB
5/10/2020 01:02:16 am

贴主的文章确实很有见地,看完收获不少。关于RaTG13,我很好奇为何你完全没有提这个序列与BtCov/4991这个短序列100%相关这件事情?BtCov/4991与RaTG13同样发现在13年7月,地点也一样。BtCov/4991上传于16年,只有极少部分短序列,RaTG13上传于今年。从任何角度来讲,他们都应该是同一个病毒,但却用了不同的名字。

Reply
Lid
5/10/2020 06:35:31 pm

事实上,16年发现的病毒序列中确实只有这一个370bp的短序列。而且当时发现的8个S蛋白序列全是Alpha冠状病毒。没有一个是beta冠状病毒。
最有可能的情况是石正丽根据这个BtCoV/4991的短序列捏造了RaTg13剩余的序列,包括最重要的 E,M,N和S。
如果当时就有这个S的序列,为什么没有把RBD的部分当时就发出来?那个RBD单独发出来也是惊天动地的了。不可能掩盖将近4年。
显然,这说明其实根本没有这样的序列信息,RaTG13是根据RaBtCOV/4991的370bp短序列伪造出来的。

Reply
Nerd has power
5/10/2020 08:36:13 pm

完全赞同!

FIB
5/11/2020 07:54:08 pm

确实存在这种可能,可是当BtCov/4991和新冠病毒的匹配也是100%的时候,这就值得玩味了
难道说,BtCov/4991这个病毒当初有全序列,只是被隐藏了,新冠实际上是在BtCov/4991基础上研发的?

FIB
5/11/2020 08:11:43 pm

根据推特网友的发现,BtCov/4991在最新的修改里写成了与新冠是同一个病毒不同名字。这一前一后的改动值得玩味。石正丽今年1月发表RaTG13的时候,那篇论文原文是说,起初发现RaTG13的短序列与新冠100%匹配,之后做了全序列测序,于是得到RaTG13。但是为什么要换个名字,不知道是不是当时没注意到他们上传过短序列用了另一个名字?

FIB
5/12/2020 01:12:46 am

更正一下,我去NCBI blast了一下,btCov/4991与RaTG13相似度100%,和新冠相似度是98.65%左右

Nerd has power
5/12/2020 04:11:57 pm

这个4491的发现是在2013年,2016的原文中有说。你提到了很有意思的一点,为什么要改名字啊?这么重要的发现,不但不应该改名字,还应该引用他们2016年的文章。事实上是,在2020的Nature文章里,发现过程一笔带过,改了名字,也没用cite原来的文章。

你说的把这个4991作为模版是有可能的,我在前面的留言里也提过。但我更相信RaTG13是不存在的,而序列是伪造的。

sudorm
5/11/2020 12:28:31 am

Hi professor!
Very nice articles and appreciate all the time you spent on this! I do have another question here.I think it's important to know how likely to get this unevenly distribution mutation ratio in corona virus strands. Or even other related virus strands. If this is unlikely to happen. Then I will feel the plot is more convincing.

Reply
Nerd has power
5/12/2020 04:28:23 pm

这个是中文留言区,所以我用中文回答你,希望你不要介意。这种不均匀的分布在冠状病毒中是发现过的,并且主要是在石正丽“发现”的病毒中。这种pattern的出现只能从基因重组解释。但武汉冠状病毒与众不同的是,不只是它的RBD需要从基因重组而来,而且是要和一个与SARS长得既一样又不一样的RBD重组而来,这样的病毒不知道几百年,几千年才能出一个。两者还要出现重组,而且重组只是改了S1,这都很不可思议。另外,这还不够,还需要另一个重组同时发生,就是Furin酶切位点。那也是一个几乎不可能的情况。两个几乎不可能都要同时发生,就是我说这不可能的原因。

另外,从E蛋白的一致性上看,舟山蝙蝠病毒和武汉冠状病毒是100%一致的。这也就决定了,假如二者是自然进化关系的话,他们只能是通过基因重组才能出现RBD如此不同的情况。因为另一种可能:convergent evolution(它也可能导致一个能结合ACE2的病毒RBD)需要很久很久的不断的随机突变,那样的情况下E蛋白是不能100%一致的。

Reply
Jean Luc
5/12/2020 10:02:06 am


FIB引出了一个引人思考的问题。他说,"我去NCBI blast了一下,btCov/4991与RaTG13相似度100%,和新冠相似度是98.65%左右".
另外,Lawrence Sellin引述到,btCov/4991在2016年就排了序 (https://ccnationalsecurity.org/is-bat-coronavirus-4991-a-smoking-gun-in-chinas-covid-19-cover-up/),那么为啥石拿新排序的RaTG13作为新冠自然起源的证据,而不是拿2016年已排序,而且和新冠相似度更高的btCov/4991作证据?

Reply
Chinesenerdhope
5/12/2020 01:27:53 pm

顶级的中文,顶级的科技英文描述论证。

我是从Dr. Chris Martenson 的 peakprosperity 看到你的blog分析。 他在他的近期youtue podcast 上大量引用了你的分析。你和 Chris 在这个论题上应是现时不多见的同壕战友。

有没有考虑过这个问题,如果西方实验室也普遍存在类似的在病毒/病菌 genome 上做 类似的 gain of function 研究,那这个病毒是否人造,从责任上来说,就不会比已经有大量证据表明的(1)中国政府隐瞒误导疫情,and/or (2) 疏忽泄漏而导致的责任更大或更严重。 如果接受这个推理,为什么中国坚持病毒自然来源说,特别考虑到石蝙蝠女自己早已发表文章描述她的蝙蝠冠状病毒 gain of function 的研究成果?此地无银?

有没有考虑通过渠道将你的分析转发给白宫,或新闻媒体,如Fox News 的 Tucker Carlson,或Fox Business 的 Lou Dobbs? 特别是 Lou Dobbs, 他似乎有快线直通 POTUS, 也是最关心这个问题的主播.

NIH的Francis Collins 及多位病毒学者支持漏洞百出的病毒自然起源说,其目的会不会是想保住国会在Gain of Function 领域的研究资助? 至于西方政客们及华尔街跨国公司集团不想捅破这扇纸窗,是不是想将追责限制在经济手段上,担心bioweapon 的证据导致在追责上再启动类似二战后 Nuremberg 程序,使中共没有退路而摔战争罐子?

Reply
Nerd has power
5/12/2020 04:36:59 pm

多谢!Chris的视频我看过一期,非常好。关于我的博客的我还没时间看。也许会去看看,我相信他的分析和判断能力。

你的其他问题我也没有具体的答案。有一点,我觉得该看的人应该在看了,该知道的也知道了。他们有什么结论和行动,我不便猜测。这里我只提供证据和分析。

Reply
Nandy Erichovas
5/12/2020 06:59:09 pm

https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867420302622
关于那个S RBD的实体实验, 找到了。
这篇文章的作者为了探究新冠RBD对不同宿主细胞的结合能力, 通过基因工程的方法去掉了S蛋白S1/S2之间的Furin酶切位点,再通过 Pseudovirus Entry的方法Assay这样的S蛋白对各类细胞的结合能力。
结果是发现这样的RBD对VERO E6的结合能力是对hACE2结合能力的1.5倍之多。对照组用的是没有furin酶切位点的SARS-CoV S蛋白,其对VERO E6结合能力和SARS-CoV2对人体结合能力不相上下。
结合能力:SARS-CoV/VERO E6<SARS-CoV-2(RBD only/Fur/mut)/BHK(hACE2)<SARS-CoV-2(furin)/BHK(hACE2)<SARSSARS-CoV-2(RBD only/Fur/mut)/VERO E6
也就是说,在插入furin酶切位点之前,SARS-CoV-2对VERO E6细胞的结合能力是对人体hACE2细胞的1.5倍不止。这直接说明SARS-CoV-2在进入人体之前的最适宿主,也就是“中间宿主”,就是这个只有实验室才有的VERO E6细胞。
VERO E6是1968年从VERO细胞系变异并分离出来的一个癌细胞系,相比于VERO本身(也是一个癌细胞系)在细胞生长,贴壁效应,接触抑制等方面发生了很大的变异(说明VERO E6的表面受体相对于其祖先 VERO发生了很大的变异)。 不存在于自然界,只有实验室才有。

Reply
Nerd has power
5/15/2020 03:24:59 pm

谢谢您的分享和分析!我大概扫了一下文章,好像你提到的这个比较是细胞侵染的效率的比较,不是分子层面的。我觉得也有可能是因为VERO E6的表面的ACE2比较多,导致侵染VERO E6比侵染BHK细胞更加容易。你觉得呢?那样的话,这点就可能不是很实锤。

无论如何,说他们没用VERO E6做过这个病毒的实验,我是不信的。

Reply
hongmi
5/13/2020 12:48:22 pm

我记得读到过,石正丽组采集样品后会将病毒灭活,只保存核酸。他们报道RaTG13的文章中也说了,是在发现短序列相似之后,才用核酸样品进行了全序列测序。因此RaTG13是否存在,是可以验证的。

Reply
Lux
5/13/2020 09:44:56 pm

即使只是核酸,也应该有样品吧。可是为什么从来就没有RaTG13的那怕任何样品被允许拿出来让其他实验室测序呢?
如果只有核酸没有活体的话,那么当时就没能测出S和RBD,存放到现在这样的RNA样本只会因为RNA不稳定容易分解损伤的原因变得更加不完整,更不可能测出S和RBD。所以这样的S从何而来,就变得更加令人生疑了。

Reply
Nerd has power
5/15/2020 03:32:22 pm

同意!石在2020的Nature文章里又改病毒名字,又不敢细说RaTG13的出处,也不敢cite自己之前的有关它的发现的文献,这些都是有原因的。她没法圆满地回答我们提出来的这些问题,无法自圆其说。

hongmi
5/23/2020 07:38:31 pm

刚看到武汉病毒所所长一个视频采访,有一些重要的信息。他们没有分离过RaTG13活病毒。她给的原因是,石正丽组的重点是SARS溯源,因此对与SARS近似度不高的病毒都没有重视。另外提到他们有三株与SARS高度相似的病毒株。

Reply
Jean Luc
5/18/2020 01:15:34 am

请教Nerd has power一个问题,我们外行人对人造还是自然的说法都没能力确定。原因在于,一方面,在您这样的坚持人造说的论文里基因改变和操纵搞出一种新病毒是可行的,而且您给人印象还是挺容易的。但昨天万维有篇自称在武毒工作过的人的长文,说之所以科学界几乎一致否定人工说,是因为人工搞成一个武汉病毒太复杂科学上还没这能力。您怎样回答?

Reply
Jean Luc
5/18/2020 06:59:46 am

他特别详细阐述了很多操作性技术的困难。这在您一方就找不到反证。这太重要了。

Reply
Nerd has power
5/18/2020 03:47:07 pm

石正丽和Baric合作的2015年的Nature Medicine文章已经给大家示范过了,把一个蝙蝠病毒插入了了类似SARS的spike,然后就能感染人了。我的文章中明确说了,这些都是文献中能找到的、已被验证过可行的概念。说这个科学上做不出来肯定是忽悠人的。

万维网我是不看的。那是中共大外宣的地盘儿,不忽悠人就不正常了。而且,武汉病毒所出来的人就可信吗?石正丽也是那儿出来的,我就不信她。更何况这个人到底是不是武汉病毒所出来的还不一定呢。

Reply
against virus
5/19/2020 06:59:57 pm

博主的分析挺让人信服的,但我还有2处疑问;
第一,修改病毒的基因主要集中在2处,一个是S1蛋白,一个是furin酶切位点,这2个改动大大提高了病毒和人细胞的亲和力及增加了传染性。除此之外,这个病毒的致病性非常奇特,致病性两极分化,大多数轻症,也有不小的重症率,这个和基因修改有关吗?人类有这个技术通过修改病毒基因来改变病毒的致病性吗?
第二,研发病毒武器的目的是什么?咱们现在就是个地球村,任何病毒流行爆发,没有国家能独善其身。病毒自己会变异,是个很难被人掌控的东西,最终的结果很可能就是害人又害己。真的会有人拿它当武器吗?

Reply
Elannor D Allens
5/20/2020 05:28:15 am

https://medium.com/@yurideigin/lab-made-cov2-genealogy-through-the-lens-of-gain-of-function-research-f96dd7413748
最早的人工诱导冠状病毒重组在1990年。
https://link.springer.com/content/pdf/10.1007%2F978-1-4684-5823-7_47.pdf
人工拼接冠状病毒在1999年就已经开始了。
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC111474/
冠状病毒无缝拼接的技术2002年就有了。
https://jvi.asm.org/content/76/21/11065
https://www.pnas.org/content/100/22/12995
西班牙人在2006年合成了SARS冠状病毒
https://jvi.asm.org/content/80/21/10900
2007年石正丽第一次更换冠状病毒的RBD部分
https://link.springer.com/book/10.1007/978-1-4939-2438-7
以及和Ralph Baric合作用小鼠人工传代产生适应小鼠的SARS-MA15冠状病毒
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1769406/
2008年Ralph Baric正式开始把人体SARS病毒的RBD换到蝙蝠病毒的S蛋白基因序列里
https://www.pnas.org/content/105/50/19944
2015年开始更换整个S蛋白,RsSHC014-SHC014
https://www.nature.com/articles/nm.3985
2016年,Rs3367
https://www.pnas.org/content/113/11/3048.full
2017年,武汉病毒研究所,连造8个嵌合病毒。全是把蝙蝠身上新找到的RBD换到WIV-1骨架上。
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5708621/

人工在冠状病毒里插Furin酶切位点的勾当2006年就已经开始了。SARS-COV中加入RRSRR
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7111780/
2008年,日本,RRKR,同样是SARS。
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2583654/
2009年,SARS,美国,RRSRR。
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2660061/
2015年,石正丽在HKU4中引入S746R和N762A,重建了MERS病毒。
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4524054/
RalphBaric在2019年正式确定了furin酶切位点可以增加病毒致病性。
https://jvi.asm.org/content/94/5/e01774-19
同年,北京实验室在鸡的IBV冠状病毒中插入了RRKR位点,让病毒可以感染神经细胞。
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6832359/
探索病毒功能的改造过程中,经常会出现各种意外。未完成版的生化武器往往比完成版的生化武器更加危险。这样的武器尚未被控制,一旦泄漏,后果不堪设想。完整的生化武器因为已经受控,反而没有这么危险。
但是,生化武器的研发过程一定会经过自然病原体->(不受控的)获得功能改造病原体->(不受控的)武器级病原体->受控的生化武器的过程。这样的半成品永远都是最危险的。

Reply
against virus
5/20/2020 07:11:53 am

多谢楼上的回复,资料相当详尽,我学到了很多。
我知道对病毒进行剪切拼贴在技术上不是什么难事,但是这是在已知致病力及传染力基础之上的拼接,是从有到有的过程。人类现在有技术可以从无到有的吗?能创造出一种全新致病力的病毒吗?我的意思是,covid-19的高传染性和多器官的攻击性能用S1蛋白的修改和加入furin酶切位点来解释,可是它这种两极分化的致病特性是闻所未闻的,刷新了人类医学的认知。人类现在真能有这个水平做出来?现代医学对病毒的认识,对人类免疫系统的认识如此浅薄,我个人认为从无到有层次上的编辑病毒还有很大的知识鸿沟需要跨越。如同外科学一定要在解剖学完善以后才能发展。

Faux Prodigy
5/20/2020 08:08:21 am

against virus, 你想多了,石正丽在制造这个病毒的时候没有想这么多,具体毒性和致病性的两极分化只是一种偶然结果。 不要把事后的结果拿来当作事前的目标。

纳粹中共
5/20/2020 10:55:21 pm

Faux Prodigy, 你怎知道石正丽没有想这么多? 难道你是她肚子里的蛔虫?再说,她做的也不一定是她想的而是中共要她想和做的。在中共集权统治下,没有中共的首肯,她有那么大的胆子研发中共病毒?

Nerd has power
5/22/2020 05:39:01 am

谢谢,Elannor!你这个整理的太全面了。非常感谢你把它在这儿分享。

另外,我也同意Elannor和Faux的分析,他们在制造这个病毒的时候是无法完全预测它具体的致病性的。他们更在乎的是让它感染力更强,有相当高的致病率和致死率,这就已经达到目的了。假如这个病毒武器是仓促放出来的,那么很可能制造者也还并不清除它具体的致病特征,并且也可以解释他们为什么没有真正能控制它的手段 --- 还没做到那一步呢。

真的会有人拿它当武器吗?我觉得不要小看政治斗争里的你死我活。假如金正恩拥有了一个半成品的生物武器,在政治斗争的关键时刻,只有放出这个生物武器才有可能让他转危为安,你觉得他会为了保护人民的生命安全而放弃这招险棋呢,还是会为了保住他自己的命和地位而铤而走险?

Reply
外行人
5/20/2020 11:07:19 am

我看见最近有篇文章通过基因分析确定说 新冠不是从武汉海鲜市场出来的,是由人带去的。而且不能排除是人工改造的。这好像是第一篇科技论文不排除人工改造的。不过总算是个佐证。

Reply
Nerd has power
5/22/2020 05:51:07 am

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.05.01.073262v1

你说的是这个吧?这个非常棒。证据确凿,很明显,武汉冠状病毒一出世就已经完美的适应人类了,不像当年的SARS。SARS是在早期非常频繁的变异,明显在努力适应新的宿主 --- 人。而且,文章里也明确否定了病毒是由海鲜市场的动物传到人的。希望大家帮助把这个文章传起来。是揭露事实的有力证据。

Reply
外行人
5/22/2020 09:29:45 am

I am glad that this paper is from reputable institutions. This will lend strength to the arguments in the paper. Now people can't simply dismiss it by quoting somebody from Harvard or CDC.

外行人
5/22/2020 08:53:16 am

是这篇。

Reply
M-Z-1-2-3-4
5/24/2020 09:51:08 am

https://www.thepaper.cn/newsDetail_forward_7541767 (逐个击破! 武汉病毒所所长回应“病毒阴谋论”!)
- - - -
Nerd兄, 请看一下上面王延轶的回答, 并分析一下.
1) "全球病毒进化的一个顶尖学者Edward Holmes近期发了一篇声明, 就认为RaTG-13的话在自然界也需要50年左右的时间才可能进化到新冠. 1100多个位点的不同数量本身已很大, 这些位点还刚好都要对应到新冠病毒相应的位点上, 刚刚好是这些1100个位点发生突变, 并且刚刚好变成新冠病毒的样子, 这概率可以说是微乎其微." --> 这段话什么意思?是不是Ed Holmes改变了他和Anderson等人合发的March 17 Nature paper的论调? 他现在不是说刚刚好是这些1100个位点发生突变, 并且刚刚好变成新冠病毒的样子, 这概率可以说是微乎其微吗?还是我理解错了?
2) 如果我上面没理解错, Holmes还真有可能是从这里获得启发. 我4/21/2020给他发了邮件. 请他关注这个博客(English version, of course).
3) "可能很多人都会有一个误解: 既然武汉病毒所报道了RaTG-13和新冠病毒基因组的相似性, 那么武汉病毒所就有这种病毒. 但实际上不是这样的, 我们只是在对蝙蝠样本进行测序的过程中知道了RaTG-13病毒的序列信息, 但并没有去分离和获得过RaTG-13活病毒, 所以也就不存在泄漏RaTG13的这样一个可能. 已分离出的冠状病毒与新冠病毒相似性最高不超79.8%"
"这么多年下来, 石老师他们确实分离获得过一些蝙蝠的冠状病毒, 目前一共有三株. 但这三株病毒和SARS的相似性最高的有96%, 但和新冠病毒的相似性最高的都不超过79.8%."
王延轶的上述辩解如何看?武毒所没有或至少想让你知道他们没有RaTG13. 舟山那个(些)蝙蝠病毒和这个Covid-19 virus相似性不止79.8%吧(暂且不论RaTG13)?

Reply
M-Z-1-2-3-4
5/24/2020 09:58:46 am

https://www.sydney.edu.au/news-opinion/news/2020/04/16/COVID-19-statement-professor-edward-holmes-sars-cov-2-virus.html
找了一下. 上面这段应该是Edward Holmes的原文, still defending nature origin theory.
但又如何解释下面呢: "1100多个位点的不同数量本身已很大, 这些位点还刚好都要对应到新冠病毒相应的位点上, 刚刚好是这些1100个位点发生突变, 并且刚刚好变成新冠病毒的样子, 这概率可以说是微乎其微."

Reply
sangerventer
6/10/2020 06:50:28 pm

王延轶说的什么一千多个碱基正好都突变 又正好突变成ratg13的蠢话,完全就是一句无逻辑又无说服力的错话和废话,用这种错误的逻辑来“有力回击阴谋论”,是一件多么可笑的事!吊诡的是这样一种貌似有科学依据的措辞 在大众传媒里居然没有能够被揭穿!反过来说,以这样一种水平和态度来搪塞媒体和大众,五毒所也真是有胆,真是不信世界上有秋后算账这回事啊。

在这个covid19进化上的起源还没有定论的时候,我们暂且不论ratg13 与它的实际亲缘关系;数学上讲,ratg13突变成任何一种与他90%同源的病毒序列的“概率”都是微乎其微的,而这正是概率在自然界的工作机制,也就是进化论的分子基础。所有现存物种,在进化过程中发生的概率难道不都是微乎其微吗?王延轶用这个逻辑来反驳covid19的来源,恐怕是自己逻辑混乱 而又在大众媒体的似是而非的喧闹中浑水摸了一趟鱼而已

Nerd has power
5/26/2020 10:12:26 pm

我觉得王延轶说这些的目的就是让大众觉得武汉病毒所既没有新冠病毒的样本,也没有RaTG13的样本,所以肯定不是他们泄漏造成的这次疫情。这些说法其实都没啥营养,她的话里唯一有营养的就是承认没有RaTG13的实体病毒,印证了我文章中的原话。她估计也不知道有我这样的小人物正搂着这个RaTG13打假呢,哈哈。反正我看完这个访谈忍不住笑了。

Reply
sangerventer
6/10/2020 08:10:51 pm

这个什么武毒所没有新冠病毒的样本,所以不可能泄漏, 又是一种不知所谓的神逻辑啊:如果病毒所曾经保有COVID-19,那新冠的来源还需要什么溯源吗? 难道说是武汉海鲜市场又独立进化出一种病毒,结果一测序,发现咦,跟咱们实验室保有的那个一模一样!所以病毒所没有病毒这个事是不需额外说明的,王延轶你听懂了吗? 再反过来说一次, 如果病毒所曾经处理过新冠病毒并发生泄漏,那么你要出来说你们没有处理过, 那就是犯罪, 作伪证,法律上伪证唯一的价值就是审判的时候作为量刑的考量标准. 王延轶 这几句话到底是谁教你说的, 真是歹毒啊!

M-Z-1-2-3-4
5/24/2020 10:31:53 am

https://www.lifesitenews.com/news/exclusive-virus-researchers-uncover-evidence-implying-covid-19-was-created-in-a-lab
(EXCLUSIVE: Virus researchers uncover new evidence implying COVID-19 was created in a lab)
我想说在四月中下旬我给大约10-12个全球知名病毒学家发了Nerd兄的这个博客. 给上文中主要作者Professor N. P.是“Apr 21, 2020, 12:57 AM”发的. 谁知道呢, 说不定对他发表上文有启示.

Reply
Nerd has power
5/26/2020 10:18:19 pm

我觉得我们很可能启发了他啊。他这是计算方法做的东西,不需要实体实验,可以很快做,很快发。时间上是完全没问题的。他的文章和发现现在广为流传,我觉得也可能有咱俩的一点功劳,估计这结果也是你我的初衷,所以我们都可以小小的欣慰一下:)

Reply
Jean Luc
5/27/2020 10:49:03 am

太棒了。可喜可贺。好一颗闪亮的智慧之星。爱才之心逼我说这样一句话:可得和满嘴谎言的人保持一段距离哟。

Reply
中共是纳粹
6/4/2020 02:26:21 pm

中共病毒人工合成又一重磅证据;
英国军情6处前官员透露,他看到过一份由伦敦大学达格利仕教授和挪威病毒学家索伦森联合分析报告指,武肺病毒并非来自动物,而是人工合成。从实验室意外泄露的可能性更大。
鉴于此,世界上大多科学期刊拒绝刊登此论文,因为这结论太吓人:
https://news.ltn.com.tw/news/world/breakingnews/3187778

Reply
Nerd has power
6/4/2020 09:53:38 pm

谢谢分享!这样的报道一定会越来越多的。

Reply
中共是纳粹
6/4/2020 10:43:12 pm

不客气。挖掘真相,人人有责。你看,中共制造病毒世界第一,但在制造疫苗上却几乎是倒数第一,所以不得不四处骇客,一会儿到美国一会儿到英国去偷疫苗: https://www.theguardian.com/uk-news/2020/jun/04/hackers-targeting-uk-research-labs-amid-vaccine-race-gchq-chief 他们不是说为了研发疫苗才研发中共病毒的吗?怎么病毒研发出来了,疫苗却还不着边际?他们若能把研发病毒的那股劲用在研发疫苗上就好啦。

kaliuser
6/7/2020 08:07:41 pm

祝平安!为了反驳中国抗疫有功的宣传,华盛顿非政府组织“公民力量”计划在6月下旬推出十万字的研究报告《大国战疫 号外—一场本来可以避免的大灾难》。建议把文章也投给他们,让真相大白!https://www.citizenpowerforchina.org/

Reply
外行人
6/9/2020 02:59:55 pm

现在的舆论开始转向了。
https://medium.com/@yurideigin/lab-made-cov2-genealogy-through-the-lens-of-gain-of-function-research-f96dd7413748

https://www.independentsciencenews.org/health/the-case-is-building-that-covid-19-had-a-lab-origin/

Reply
中共是纳粹
6/10/2020 02:41:19 pm

澳大利亚病毒专家发现新冠病毒优化后更适合感染人类,而不是动物的病毒:https://gnews.org/zh-hans/229077/

Reply
DUS link
6/11/2020 06:02:16 pm

"还有一个更加强有力的证据,无可辩驳证明新病毒是人工合成的。我们注意到S蛋白的605-1124位置,除681-684四个氨基酸PRRA是新病毒中有而云南病毒中没有的,其他的516个氨基酸完全相同,可是对应的RNA核糖核酸并不完全相同,有约6%的差异". The non-synonymous mutations is maintained is 93:0!!!!!

Reply
DUS
6/11/2020 06:39:45 pm

Correction:
"The non-synonymous mutations is maintained is 93:0!!!!!" should be "The synonymous/non-synonymous ratio is 93:0"!!!!!.

Reply
DUS
6/11/2020 06:45:24 pm

based on this link:
https://blog.wenxuecity.com/myblog/70505/202002/25835.html

Reply
DUS
6/11/2020 06:42:42 pm

Although the E protein's amino acid sequence is 100% identical between Wuhan Coronavirus and RaTG13, however, the nucleotide sequence alignment shows 95.5% identity in 669 residues overlap, there are 30 synonymous mutations, that means the synonymous/non-synonymous ratio is 30:0!

Reply
Nerd has power
6/12/2020 06:17:24 am

谢谢分享!那位博主的文章我看过,好像比之前有更新。我相信博主在这儿也留过言,和我们互相启发过,互动过:)。

Reply
DUS
6/13/2020 06:32:13 pm

https://gmwatch.org/en/news/latest-news/19396-evidence-that-the-sars-cov-2-virus-is-genetically-engineered

This author(s) summarized your article and mentioned that if published, you could be the Nobel Prize Winner!

"In our view, such work, once published, would be universally acclaimed as of immense public health import and potentially worthy of the Nobel Prize. If RaTG13 is real, it’s not the kind of thing that a scientist of Shi’s standing would normally keep under wraps for years. As any scientist can tell you, they are driven by the desire to be the first to announce a new discovery and to bask in the peer recognition and glory that this brings – unless, of course, secrecy was mandated because the plan was to use RaTG13 in some way that could not be disclosed, for example, as the basis for developing a bioweapon.

Personal ambition apart, Shi Zhengli is at fault either way, if RaTG13 is real or if it’s fake.

If RaTG13 is real, Shi’s failure to immediately report this discovery appears to be an act of extreme negligence that has recklessly endangered public health. In accord with proper scientific conduct in the public interest, Shi was morally obliged to promptly announce her discovery of RaTG13 and thus put world health authorities on alert as to the possibility of this bat virus acquiring the relatively few mutations needed to convert it to a human pathogen, thus leading to a new SARS pandemic.

If RaTG13 is fabricated, she would be guilty of scientific fraud, apparently committed to cover up an act of negligence in the form of her lab’s construction and accidental release of SARS-CoV-2.

In our view, the evidence presented above shows that there is an urgent need for a credible and independent international investigation into the origins of SARS-CoV-2 and the roles played by Shi Zhengli, the Chinese government, and the US bodies that helped fund the virus research at the WIV, including the National Institutes of Health and the EcoHealth Alliance".

Nerd has power
6/18/2020 05:02:48 pm

谢谢!这个文章的作者当时把链接发在了隔壁的英文留言板,我已经看过了。文章总结的很好,平台也比这里好,希望能帮着更好的传播这些事实。

中共是纳粹
6/17/2020 09:58:39 am

未披露外国关系 54名美国科学家离职
https://voachinese.com/a/china-investigation-probe-foreign-20200615/5463944.html
NIH自2018年始,对87个机构189名科学家进行调查,发现约70%没有向NIH披露其获得外国资助,隐瞒参与中国“千人计划”,隐瞒的资金中93%来自一家中国机构。
终于明白,专家为何异口同声称病毒不是中国实验室泄漏,非人造。估计这些人多少有份。

Reply
Nerd has power
6/18/2020 05:05:48 pm

这个我也看到了。这些人里是否有帮着宣传病毒为天然,咱不得而知。但如果有的话,一点儿也不意外 ---- 吃人家的嘴短,更何况还有自身安全方面的顾虑。

Reply
中共是纳粹
6/23/2020 01:22:19 pm

6.22晚 中共制毒投毒再添铁证!!
*中共新冠病毒突变D614G,S蛋白第614氨基酸位点由D突变G,使S蛋白数量增加5倍,稳定性更强,抗体中和性减弱,病毒传染性倍增,现有抗体、疫苗几乎无效
*中共石正丽最早发现S蛋白功能性作用,中共定点改造、精心设计,病毒被植入大量未知“按钮”,中共不除,疫情遥遥无期:

https://twitter.com/hailangwolf/status/1275259366137122816

Reply
中共是纳粹
7/10/2020 11:39:15 am

57歲的俄亥俄州立大學風濕病學教授和研究學者鄭宋國(Song Guo Zheng),被指於2013年開始參加「千人計劃」。他涉嫌隱瞞與中國一間大學的合作關係,以及從中國政府獲得的研究經費,利用從美國國家衞生研究院(NIH)獲得的410萬美元經費,為中國進行風濕病和免疫學領域的研究,卻沒向美方的僱主和NIH報告自己存在的利益衝突和他對外國的承諾:

https://hk.on.cc/hk/bkn/cnt/cnnews/20200710/bkn-20200710150003693-0710_00952_001.html


这NIH不正是中共拼命要甩锅的地方吗?原来,NIH 又出了个中共贼!

Reply
Chunyang Shen
7/13/2020 08:45:35 pm

博士好,务必记得将博客和评论都做好定期备份,尤其是评论,都太有价值了,这是对所谓的“病毒源自自然是学术圈早有定论”的最佳驳斥。

Reply
Nerd has power
7/29/2020 10:01:43 pm

谢谢提醒, 一直有备份:)

Reply
123123
7/16/2020 10:52:05 pm

您和闫丽梦一样是为了人类的正义敢用于挑战暴政的人

Reply
Nerd has power
7/29/2020 10:03:38 pm

闫博士的勇敢和揭露病毒起源中的作用是我没法比的。她是咱们中国人真正的骄傲和希望。

Reply
M-Z-1-2-3-4
7/31/2020 06:34:00 pm

闫博士似乎也在说明两点: 1) RaTG13是假的; 2) COVID-19是在舟山病毒基础上改造来的. (Among other things she mentioned).
Nerd兄有没有什么补充? 舟山病毒是不是军事科学院那帮人(陈少将)掌控搞的? 不一定在P4 lab里完成?
就想问一下Nerd兄从Dr. Yan这几天的发言是不是又有什么收获/启发?

Reply
Nerd has power
8/3/2020 09:32:22 am

我受的最大的启发就是这个事儿不是一个地方干的,香港的实验室应该也参与了。闫博士估计有很多情报性质的东西是没法说的,至少在媒体上,所以我们还可以再等等。重磅应该要来了!

Reply
M-Z-1-2-3-4
8/11/2020 06:29:19 am

https://c.m.163.com/news/a/FJO6681S0001899O.html?spss=newsapp

评论一下?

Reply
Nerd has power
8/13/2020 05:37:22 am

替罪羊有很多,蝙蝠,穿山甲,三文鱼,华南海鲜市场,美国军人,西班牙下水道...........,但绝对不包括武汉病毒所和P4实验室

Reply
M-Z_1-2-3-4
9/13/2020 08:52:09 pm

百度一下“陈薇 2月26日 疫苗”,可以清楚查到陈少将的新冠重组疫苗是02/26/2020 - "第一批疫苗在生产线上下线". 她自己也有视频提到所以这个是铁的事实.

问题是重组(新冠)疫苗在02/26/2020生产线下线, **这得是什么时间开始研发然后制造的呢?** 有没有人评论一下?我看网上质疑的人不少。

Reply
大兄dei
9/15/2020 07:29:18 pm

谢谢您的讲解!
对于生物医学我完全是门外汉,我是对病毒自然来源说抱着很大怀疑的,我的理由很简单:(1)众所周知,新冠病毒爆发于武汉,而武汉是个大城市,一点都不“自然”,如果是爆发于农村荒野,我还能犹豫一会。(2)地域上的非齐次性。我们知道病毒首先爆发于武汉,然后又是别的城市,进而扩散到全国、全球,试想,如果病毒是来源于自然,那么为什么不是多地同事爆发,而是有前后之分。(3)又是众所周知,此病毒感染力极强,隐秘性强,杀伤力也不小。既然是自然的,总有个渐变的过程,而其表现相当突兀,相当不自然。 不知我的这几点怀疑是否得当?望请指教!谢谢!

Reply
中共是纳粹
9/18/2020 08:30:27 pm

第二名出逃者 向美提供中共生物武器資訊。美國媒體爆料,繼病毒學家閻麗夢出逃後,另一名中共軍方人員叛逃到歐洲,並且協助美國情報機構,了解中共祕密生物武器的計劃。評論認為,這名軍方人士的爆料,將更加激化全球的滅共浪潮。

https://www.ntdtv.com/b5/2020/09/18/a102944077.html

Reply
中共是纳粹
10/8/2020 08:13:45 am

闫丽梦第二篇关于中共病毒是人造生化武器出炉!

https://zenodo.org/record/4073131#.X38rS3lKiUk

Reply
outofbox link
10/8/2020 08:33:03 pm

我的生物知识是零,但我的专业是物理方面,所以逻辑和概率还知道一点。我觉得目前只能是怀疑,不能确定是否是人工制造。我也倾向是人工的, 因为实在是太诡异了。现在阶段,靠生物知识归纳推论已经不可能否定或肯定。说天然概率如何如何的小,人工痕迹如何如何大只是有助于侦缉方向。小概率事件是有可能发生的。否则你只能相信上帝制造了人。盖房房倒,建桥桥塌, 小概率,但会发生。此时不是从研究概率有多小,而确定肯定有人破坏. 自然科学到此已经无能为力了。需要从另一个方面着手。比如看看某个工人故意少安装了部件没有。回到病毒这个话题。感觉RaTG13序列是不是伪造是关键。那么这个实物必需公注于世。也许这真是“上帝”制造。但也许可能是魔鬼出品。

小概率事件是可以自然发生的,哪怕非常奇怪。靠(自然)科学归纳已经无法肯定。必须侦缉人和物件,等等。

Reply
中共是纳粹
10/8/2020 09:22:26 pm

不用急着怀疑。对于闫丽梦的两大论文出炉,蝙蝠女怎不出来吆喝两句?她的悄无声息倒非常令人生疑。别人既已扔出了炸弹,她也应来接招嘛!别以为毁了病毒序列就万事大吉!别以为证据一并毁尽,法官就无法判这桩无头案!别忘了还有那有军方背景的实验室工作人员,他不也逃到欧洲去了吗?好戏还在后头呢!不妨等他来说道两句后,再玩概率游戏也不迟。

Reply
Nerd has power
10/11/2020 08:14:50 pm

您的逻辑分析能力也许能帮您深入理解闫博士的第二份报告,里面很多是逻辑关系,虽然也需要些生物背景知识。但我觉得您能看懂,而且应该能找到您问题的答案。

Reply
中共是纳粹
10/9/2020 01:09:57 pm

通俗易懂:闫丽梦博士首次用中文解释第二份报告的来龙去脉,揭露中共病毒的超限战生物武器的本质!

https://www.youtube.com/watch?v=VAKlS2oM9EU

Reply
Nerd has power
10/11/2020 08:20:07 pm

闫博士太牛了!专业知识不够的听闫博士讲这段就够了,通俗易懂,还生动有趣儿。中共看得都愁死了,估计。石正丽从专业,到口才,到真相,哪里都不是对手

Reply
中共是纳粹
10/10/2020 09:43:26 am

关于武汉肺炎病毒被石正丽人为修改和武汉病毒所所长王延轶等负面消息一直被百度屏蔽的,现在却在百度上一搜索一大把,这时候放出这消息是什么意思呢?是叫她们两个背锅吗?这囗锅她们两个背不起!

https://twitter.com/zixinho17/status/1314943387510816771

Reply
kaliuser
11/22/2020 05:39:34 pm

今天看了新闻才知道您是康博士!谢谢您和袁博士的分析!让民主和中共的本质再一次被世人看清!祝好!

Reply
Nerd has power
11/29/2020 06:24:30 am

谢谢!咱们中国人的未来需要咱们自己努力。与您共勉!

Reply
unknown
3/26/2021 10:21:53 am

coronavirus patent US-10130701-B2, 病毒专利为什么是英国的?

Reply
MZ1234
12/9/2021 09:08:13 am

继续支持“Nerd Has Power" - 康博士 (12-09-2021)

Reply
Nerd has power
12/30/2021 05:22:46 pm

谢谢!新年快乐!

Reply



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